原書早佚，但其有關內容仍可從後世的《大觀本草》、《政和本草》中窺知。陶弘景《本草經集注》的內容，365種系陶弘景錄自《名醫別錄》。

《名醫別錄》原書的收藥數目，應該在730種以上，因為這一數目是陶弘景在編錄成二部獨立的著作時篩選出來的，當時可能摒棄了一部分主觀上認為不用的藥物。從藥物的分類方法來看，仍然是《本草經》那種三品分類法，即按藥物的治療作用粗分上、中、下三品，同時在每一品之下，又粗略地將植物、礦物、動物等類藥大致做了歸類。

對每一種藥，本書都載有其正名、性味、主治、別名（或一名）、用法、用量、藥物形態、產地採集炮製法及七情畏惡等項目。這基本上與《本草經》是相同的。在《名醫別錄》中，個別藥味之後己附有方劑，如說「露蜂房，合亂髮、蛇皮三味合燒灰，酒服方寸匕，日二，治諸惡疽、附骨癰，根在臟腑，歷節腫出，疔腫惡脈諸毒皆瘥，」這是本草著作中最早附有方劑的體例，為後世本草附方開創一個良好的實用開端。此外，《名醫別錄》中記載的藥物主治功效，有一些已經超過《本草經》，如桂可發汗、百部根可止咳等等，都是《本經》所無，故此書對於研究漢魏六朝的本草學有較重要的實用價值。