梁‧陶弘景撰，七卷。原書己佚，內容尚散見于《經史證類備急本草》中。本書是根據《神農本草經》、《名醫別錄》的內容各365種，共730種編撰而成，分為玉石、草、木、果、菜，有名未用六類，也是本時期本草發展史上的一項重大成就。《本草經集注》存有兩種殘卷，一是出土於敦煌石窟的殘卷，一是出土於吐魯番的殘卷。

敦煌本殘卷只存一卷，也即「序錄」部分，原卷長十七米，正背兩面均書寫。1908年日本人桔瑞超及吉川小一郎受龍谷光瑞之命，在中亞細亞進行探險時，由敦煌攜往日本。此卷正面及背面小部分為其他文獻內容，背面有720行屬《本草經集注》的序錄，但缺卷首。據文字內容最末兩行寫有「開元六年九月十一日尉遲盧麟于都寫本草一卷。辰時寫了記」的記錄，羅振玉氏認為此段文字與原文書法不同而認為應是六朝時的作品。此殘卷1955年群聯出版社有影印本。

吐魯番出土的殘卷為一28.5×27厘米的殘片，捲上只有燕屎、天鼠屎的全文，及豚卵後半部的注文，還有鼴（鼠泉）的前部正文，應是《本草經集注》中獸類藥的部份內容。