薛氏著述大致有三類，一類是他自己的著述，有《內科摘要》2卷，《婦科撮要》2卷，《過庭新錄》（一名《保嬰金鏡錄》）1卷，《外科發揮》8卷，《外科新法》7卷，《外科樞要》4卷，《正體類要》2卷，《口齒類要》1卷，《疬瘍機要》3卷，《外科經驗方》1卷。《內科摘要》是我國第一次以內科命名學科及書名者。《疬瘍機要》是麻風專著；《正體類要》是正骨科專書；《口齒類要》是口腔和喉科專著，都是現存最早的專科文獻。

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