中醫病因病機學具有以下幾個主要特點:
(一)受中國古代哲學思想的影響比較深刻。在中醫理論體係的形成過程中，中國古代哲學和醫學不斷相互滲透和相互影響，這一情況，在中醫病因病機學中也有著明顯的反映。《內經》中有關疾病的認識論、方法論原則，陰陽五行學說、精氣神學說、氣一元論思想，以及天人相應的整體觀念等，大多淵源於先秦漢初的哲學思想，其中尤以樸素的唯物辯證法和整體觀的影響最為深刻。因此，我們不僅要用現代哲學思想去分析中醫的病因、歲病與病機，而且要從中國古代哲學與中醫理論相互滲透中去理解中醫病因病機學的形成與發展。
(二)多學科的滲透。由於中國古代自然科學相當發達，各學科之間的相互滲透現象比較普遍。例如， "人與天地相應" 的觀點，是中醫病因病機學的一大特色，其所述季節、歲氣與發病的關係，晝夜變動與疾病演變的關係，以及地理環境對人體疾病的影響等，郴是古代天文學氣象學相地理學的滲透。又如，中醫病因病機學中的情志致病、病理體質之說等，則是古代心理學、體質人類學的滲透。正是由於古代多學科的滲透，促進了中醫病因病機學的形成與發展，並使其內容日臻完備。
(三)宏觀的整體性原則比較突出。強調人是整個自然界的一部分，自然界與人是統一的整體，人體疾病的發生、傳變與轉歸，無不受自然變化規律的影響和制約。《內經》所謂春多風病，夏多暑病，長夏多濕病，秋多燥病，冬多寒病;《傷寒論》所謂六經病， "欲解時" 等，都體現出人與自然的整體觀。不僅如此，人與整個人類社會也是一個整體，社會因素對人類疾病的發生和發展具有重要的作用。《內經》所述先富後貧、先貴後賤之人的發病機理具有特殊性便是一例。人對現實世界與周圍環境的反應形式-情志活動的過與不及都可能導致疾病。《內經》指出的不同的情志可損傷不同的臟腑，而產生不同的病變，充分體現了人與社會的整體觀。此外，人的自身又是一個有機的整休，人體各個屬部的病變實際上是整體病變的局部表現。《內經》中有關 "臟腑相關" , "形神合一" 與 "人身一小天地" 等論述，就是人體自身的整體觀。
總之，中醫病因病機學在宏觀的整體論原則指導下，對各種病理概念的認識和概括，都是在臨床觀察的基礎上，主要著眼於對疾病狀況下人體機能變化的概括，而並不單純強調局部形態的改變和損傷，是其顯著的特點。