中醫病因病機學總的研究任務是:以辯證唯物主義和中醫基本理論為指導，研究疾病發生、發展和傳變、轉歸的機制和規律，來闡明疾病的本質和內在變化，用以指導疾病的預防和治療。它的研究內容與任務包括:

(一)中醫病因與發病中醫病因的範圍很廣，內容豐富，包括自然因素、生活因素、生物因素以及體質因素等。必須研究其本質含義和致病特點，才能闡明疾病發生和形成的原因和機理，並展示出一病多因、一因多病，以及同病異因、異病同因等中醫病因學說特有的觀點。同時，還要研究中醫學對發病的認識，闡明各種病因的入侵途徑與致病條件，從而揭示致病因素如何作用於人體，如何引起人體陰陽偏盛偏衰，臟腑氣血功能紊亂，而形成疾病的機理和不同的發病類型。

(二)中醫病機理論主要研究和闡明各種病機的具體病理變化和物質基礎，探討各種病機之間彼此聯係與傳變、轉化的相互關係，從而揭示各類病證形成和演變、轉歸的機理與規律，為辨證論治提供理論根據。包括臟腑病機、經絡病機、氣血病機、體質病機、痰飲病機、六經病機、衛氣營血病機等，內容極其豐富，是中醫病因病機學的重點內容。

(三)系統整理，不斷提高中醫病理學的另一個重要任務是，以辯證唯物主義的觀點為指導，通過認真地總結整理、分析研究和臨床實踐，在充分吸取前人成就的基礎上加以發展和提高，使之從內容到形式更加規範化和完善化，成為一門有系統理論和內容完整的獨立學科。