中醫病因病機學發展史標志著對於疾病本質認識的深入，與整個中醫學發展史是一致的。對中醫病因病機學的形成與發展作簡要的歷史回顧，是進一步繼承與發揚的良好借鑑。
成書於春秋戰國時代的《黃帝內經》，以其豐富的內容奠定了中醫病因、發病和病機理論的基礎。《素問，調經論》把一切致病因素統稱之為邪氣，指出 "夫邪之生也，或生於陰，或生於陽。其生於陽者，得之風雨寒暑;其生於陰者，得之飲食居處，陰陽喜怒" 。明確提出六淫、情志、飲食、環境等內外因素在一定條件下的病因意義。《內經》還進一步闡述了各種病因的致病特性。例如，《素問‧風論》說: "風省，善行而數變" ；《素問，舉痛論》說: "寒氣入經而稽遲，泣而不行" ，怒剛氣上，喜則氣緩，悲則氣消，恐則氣下，驚則氣亂，思則氣結 "等。此外，《素問‧腑論》說:" 飲食自倍，腸胃乃傷 ";《素問‧宣明正氣篇》有" 五勞所傷 "，《靈樞‧邪氣臟腑病形篇》有" 若入房過度，則傷腎 "之說。可以認為，這是對中醫病因的全面論述。《素問‧評熱病論》所謂:" 邪之所湊，其氣必虛 "，以及《素問，刺法論》所雲:" 正氣存內，邪不可幹，避其毒氣 "，提出了中醫關於發病的理論。至於中醫病機理論幾乎無不以《內經》為淵源。首先，" 病機 "一詞就出自《素問‧至真要大論》，對" 病機何如 "共概括為十九點，即通常所說的病機十九條。其所闡述之諸風掉眩，皆屬於肝;諸寒收引，皆屬於腎;諸氣胺郁，皆屬於肺;諸濕腫滿，皆屬於脾;諸熱瞀契，皆屬於火;諸痛癢瘡，皆屬於心;以及諸病水液，澄徹清冷，皆屬於寒;諸痙項強，皆屬於濕;諸禁鼓栗，如喪神守，皆屬於火等，奠定了臟腑病機與六氣病機的理論基礎。《素問‧調經論》指出:" 血氣不和，百病乃變化而生。 "是氣血病機的概括提示。《素問‧熱論》所謂:" 今夫熱病者，皆傷寒之類也 "，並提出傷寒一日巨陽受之，二日陽明受之，三日少陽受之，及其證候表現與三陰三明經脈內在聯係的論述，實開經絡病機和六經病機學說之先河。由此可見，《內經》已經奠定了中醫病因病機學的理論基礎，後世有關中醫病因病機學的發展與創見，都不過是《內經》成就的延伸與充實。
漢‧張仲景撰著《傷寒論》沿用《素問‧熱論》三陰三陽的概念，精闢地深入闡述了外感傷寒病六經病機變化與傳變、轉歸的規律，補充了《熱論》六經只有表裡之實熱，而沒有表裡之虛寒的不足，把六經病機與具體方證結合在一起，充分展現出病機理論對臨床醫學的指導意義，並使之提高到了一個新的發展階段。他所著《金匱》一書，對臟腑、經絡、氣血、痰飲等病機理論，有很大的發揮，突出了依據病機進行治療的思想。因此，可以說張仲景是把中醫病因病機學與中醫辨證學、治療學有機結合的典範。隋，巢元方《諸病源候論》，探求諸病之源，九候之要，是一部最早的也是最完備的中醫病因病機學專著。書中涉及內、歸、兒、外等各科具體疾病的病因病機，對外邪入侵途徑、發病條件，病理過程與轉歸，都有比過去更深入的描述。尤其是對病因學的成就，大大地超過了前人。例如，書中對 "乖戾之氣" 、 "蠱毒" 、 "沙蝨" 等具有傳染性的病因，從其傳染的途徑、方式、致病機理、病理經過、直到證候表現，進行了系統地描述。唐‧王冰注釋《內經》，對運氣發病之說大有發揮。他根據《內經》 "人與天地相應" 的觀點，認為人體的生理活動和病理反應與五運六氣有密切關係，幾天時之過與不及，人體之相應與不相應，都能釀成疾病;及其發病則應辨明陰陽水火之虛實所在。他的這種見解，實際上是從運氣發病之說引伸出來的病機學說。他提出的 "寒之不寒，責其無水;熱之不熱，責其無火" ，以及 "益火之源，以消陰翳" , "壯水之主，以制陽光" 等著名論點，就是按陰陽水火之虛實分析病機而得出的結論，給後世啟發很大。
宋，餞乙著《小兒藥證直訣》闡明小兒 "五臟六腑成而未全，全而未壯" , "臟腑柔弱，易虛易實，易寒易熱" 的病機特點，補充了前人之未備，實為兒科病機學的鼻祖。同期，陳無澤著《三因極一病證方論》，把全部致病原因分成 "內因" 、 "外因" 和。 "不內外因" 三類，說: "醫事之要，無出三因" 。這種 "三因論" 的分類方法，在一定程度上反映出病因的性質與來源，雖然後世一些醫家有所異議，但在病因發展史上仍有一定地位。金元時期，中醫病因病機學頗有發展。劉完素著《素問玄機原病式》，提出 "六氣皆從火化" 的論點，闡明了實火病機的理論。李東垣若《脾胃論》，提出 "陰火" 的病理概念，認為 "火與元氣不兩立" ，元氣不足，則陰火上乘，論述了陰火上衝的病機理論問題。朱丹溪著《格致餘論》，倡 "陽有餘，陰不足" 之說，發揮了陰虛相火病機的理論。由朱氏的門人整編的《丹溪心法》，對 "六郁" 病機的闡發很有創見，闡明了有關郁證的病機理論問題。及至明代，薛立齋著《內科撮要》，強調臟腑病機變化以脾胃與腎、命門為主。後來趙獻可著《醫貫》發揮薛氏之說，而獨重腎水命火。張介賓著《景岳金書》，則倡 "陽非有餘，陰常不足" 之論。綺石著《理虛元鑑》，提出虛證病機有 "三本" ，即本於肺脾腎之說。以上諸家之說，對臟腑病機理論，互相發明，相得益彰。
明末吳又可著《溫疫論》，對溫熱疫病的病因和病機傳變;提出了許多新穎的見解。在病因方面，認為 "溫疫之為病，非風非寒，非暑非濕，乃天地間別有一種異氣所感" ，吳氏特名之為 "雜氣" (包括厲氣、疫氣)。雜氣的種類繁多，為病種種，各隨其氣而為諸病，無論老少強弱，觸之皆可發病，且為病多遍於一方，眾人相同。他在《內經》五疫之至，皆相染易之說的啟發下，明確指出 "時疫能傳染於人" 而具有流行性質。在病邪的感受上，提出 "邪自口鼻而入" , "有傳染受之" 等不同傳染途徑。在病機傳變上提出 "邪伏膜原" 等，這些論述，進一步豐富和發展了外感熱病病因病機理論。
到了清代，溫熱學家葉天士著《外感溫熱篇》，他總結歷代溫病各家之說，結合自己豐富的臨床經驗，闡發溫熱病衛、氣、營、血的病機變化，及其傳交、轉歸的規律，獨開生面。師承葉氏之吳鞠通著《溫病條辨》，論證了溫熱病三焦傳變的機理。與此同時，薛生白著《濕熱病篇》，論述濕熱為病的病機變化，又填補了一大空白。至此，外感熱病的病機學說日臻完備，並發展到了一個新的階段。晚清，王清任著《醫林改錯》，他以實際屍體解剖觀察的材料，對瘀血的病機理論作出新的發揮，關於氣虛可以導致血瘀的論述，誠屬前所未有的創見。後來，唐宗海著《血證論》，從陰陽水火氣血立論，側重出血機理的闡述，大大發展了氣血病機理論。近數十年，湧現出各種病機新理論，是中醫病因病機學全面發展的時期。例如，在六經病機理論中，有階段說、陰陽多少說、病理層次說，以及體質說等;在衛氣營血病機理論中，有熱毒說;在氣血痰飲病機理論中，有痰瘀同源說等。同時還出現了引入現代自然科學的方法、手段研究中醫病機的新趨向。例如，人們用微觀方法研究陰虛、陽虛的本質，觀察瘀血的病理過程，用動物實驗方法，研究脾陽虛、脾陰虛等。這些研究都有助於更深入、更全面地認識與闡明中醫病機本質。
然而，中醫病因病機學的內容量如此豐富，在整個中醫學中的地位雖如此重要，但迄今它的理論與具體內容都是分散在中醫基礎學科與中醫臨床各科內容之中，尚未進行全面地、系統地整理研究，使其分化出來形成一間獨立的學科。這種局面顯然不適應中醫教學、科研與醫療的需要，也不利於中醫學的發展與提高。本書所作的初步研究整理工作，就是為了改變這種狀況而進行的一次有意義的實踐和嘗試。
(匡調元)