唯物主義思想是中國古代先秦哲學的主流，這一思想指導人們在與疾病作鬥爭的醫療實踐中，不是用迷信鬼神解釋疾病發生發展的原因，而是尋找唯物論的依據進行解釋。唯物主義思想萌芽於西周，到了春秋戰國時期，已十分活躍，這一時期唯物主義思想突出的特點，是認為整個宇宙由具體的物質構成，並力圖從自然界本身去尋找關於自然變化的解釋。例如，《國語‧周語》記載，太史伯陽以"天地之氣"與"陰陽"的觀點來解釋地震，他認為天地間存在著陰陽兩種氣，這兩種物質力最"不失其序"，自然界就安定；反之，如陽潛伏在下不能出來，陰受逼迫不能上升，就會發生地震。這種從陰陽的相互關係來說明地震發生的原因，基本上是唯物主義的認識。又如《左傳》魯禧公十六年，周內史叔興認為"六鵝退飛"與星辰隕落是陰陽二氣變化的結果。這種從自然界本身的變化來解釋自然現象的無神論思想，指導人們在認識疾病現象時，排除鬼神致病的迷信觀念，在客觀實在中尋求疾病發生變化的原因及機理。《詩經》卷四《東門之蟬》說："既見君子，雲胡不瘳"，就已認識到精神情志異常，可以導致疾病，一旦心理性的致病因素消失，疾病也就可以痊愈。又如子產探望晉侯疾病時說："右君身，則亦出入飢食衷樂之事也，山川星辰之神又何為焉。"認為生病與天上的鬼神無關，是由於人事所致，與飲食喜怒哀樂有關。另如醫和在診視晉侯疾病時，就提出陰、陽、風、雨、晦、明"淫生六疾"和"近女室"、"不節不時"的發病原因(以上見《左傳‧昭公元年》)。在對疾病的認識方面，他們否定神的作用，把疾病的形成與社會生活和心理情志的變化聯係起來。西周春秋時代，先哲們在巫醫盛行、迷信鬼神思想猖獗的情況下，致力於用科學的原理解釋疾病的成因，建立起關於疾病形成和變化的唯物主義認識。《內經》繼承了古代豐富的唯物主義思想，為中醫病因病機學的建立奠定了思想基礎。例如《靈樞‧賊風篇》說："其母所遇邪氣，又毌憂惕之所志，卒然而病者，其故何也？唯有因鬼神之事乎？岐伯曰：此亦有故邪留而未發，因而志有所惡，及有所慕，血氣內亂，兩氣相搏，其所從來者微，視之不見，聽而聞，故似鬼神。"《素問‧寶命全形論》還明確地提出了"道無鬼神"的主張。同時，《內經》又明確地提出門致病的原因："夫邪之生也，或生於陰，或生於陽。其生於陽者，精之風雨寒暑：共生於陰者，得之飲食居處，陰陽喜怒"(《素問‧調經論》)。這些都是在唯物主義和無神論思想指導下，提出和形成的中醫病田病機學說和理論體係。
在中國古代哲學，尤其是在先秦哲學中有著豐富的樸素辯證法思想。這種樸素辯證法對立統一的思想給予醫學對疾病的認識以很大的影響，《淮南子，說出》說："天二氣則成虹，地二氣則洩藏，人二氣則成病。"認為天地的變化都是二氣相反相濟的結果，而人的疾病的產生，也是由於二氣相互作用的結果。中醫學在對疾病的病理變化的認識過程中，繼承了樸素的辯證法思想，緊緊把握對立面的統一和鬥爭兩個方面來進行認識。
在中醫發病學說方面，《素問‧刺法論》提出："正氣存內，邪不可干。"《靈樞‧百病始生》又說："風雨寒熱，不得虛，邪不能獨傷人，卒然逢疾風暴雨而不病者，蓋無虛，故邪不能獨傷人，此心因虛邪之風，與其身形，兩虛相得，乃客其形。"說明疾病的發生，取決於正邪對立雙方的鬥爭，發病與否，取決於邪正雙方的力量對比，所以"正"、"邪"兩個方面對發病過程而言，又是相反相成的。上述思想使中醫發病學得以建立在"正"、"邪"二點論的基礎上，既考慮邪氣在發病學方面的重要意義，又考慮正氣的重要意義。
中國古代樸素辯證法思想認為宇宙間萬物無不處在運動變化之中，而沒有永恆不變的東西。
中醫學吸取了這種哲學思想，認為運動是事物變化和成敗的根本原因。《素問‧六微旨大論》說："成敗倚伏生乎動，動而不已，則變作矣。"反映在對疾病病理變化的認識方面，中醫學十分重視在生命活動的異常變化中尋求疾病發生的機理。如升降出入是人體氣機運動的主要形式，氣機的升降失常會引起相應的病理變化，《素問‧陰陽應象大論》說："清氣在下，則生糠洩：濁氣在上，則生腹脹。"清氣當升不升，就會發生槍洩；濁氣當降不降，就會發生腹脹。中醫學還認為，疾病形成以後也會不斷地發展變化，例如由表入裡，從裡出表，由經絡入臟腑，從氣分傳入血分，或從三陽傳入三陰，或由三陰轉出三陽等等。……疾病的變化，不但表現在疾病證候的傳變中，還表現在疾病性質的變化上，某一種性質的疾病發展到一定程度可以向性質相反的疾病轉化。如《素問‧陰陽應象大論》說："重陰必陽，重陽必陰。""寒極生熱，熱極生寒。"在疾病的發展過程中，陽證發展到極限，可以轉化為陰證，陰證在一定條件下可轉化為陽證；寒證可轉化為熱證，熱證又可轉化為寒證，虛證轉化為實證，實證轉化為虛證等等。
綜上所述，可以看出，中醫病因病機學之能夠唯物地從疾病自身尋求客觀的致病因素和病理機制，並用仆素的辯證法思想闡述發病及疾病傳變的一般規律，就是在中國古代樸素唯物主義哲學思想的影響和滲透下，對於長期與疾病作鬥爭的實際觀察，不斷加以科學的總結和概括而形成的，從而能夠客觀地和深刻地揭示疾病發生發展的機理，並且從一開始就建立在科學的基礎上。