什麼是物質世界的本源，天地萬物是由什麼構成的，這是春秋戰國時代的哲學家共同關心的問題。宋鉚、尹又是戰國中期的唯物主義哲學家，他們提出了"精氣"是構成萬物本源的學說。《管子‧內業》說："凡物之精，此則為生，下生五穀，上為列星。"認為天上的星辰和地上的五穀都由精氣構成。
《管子》進一步認為精氣是構成生命的要素。《管子，內業》說："凡人之生也，天出其精，地出其形，合此以為人，和乃生，不和不生。"天之精氣與地之形氣相含，人就生成存活，反之就死亡。一個人具有的精氣越多，生命力就越強，智力就越高。《內業》說："精存身生，其外安榮，內藏以為泉源，浩然和平，以為氣淵。淵之不涸，四體乃固，泉之不竭，九竅遂通。"指出精氣充足，不僅四肢堅固，體質健壯，而且能使九竅通暢。《內業》又說："氣道(戴望引《左傳》注：道，通也。)乃生，生乃思，思乃知，知乃止矣。"人的思維活動如思、知等依賴於生命活動，而生命活動又依賴於氣，必須氣行通暢，有了生命才能思維。這些論述，從哲學上確立了精氣學說的基礎。
精氣學說的形成，導致人們從氣這樣一種基礎物質的變化中去尋找疾病發生的原因。《呂氏春秋‧達鬱》說："凡人三百六十節，九竅五臟六腑，肌膚欲其比也，血脈欲其通也，筋骨欲其固也，心志欲具和也，精氣欲其行也，若此，則疾無所居，而惡無由生矣。病之留，惡之生也，精氣鬱也。"凡人的形體四肢肌膚，九竅五臟六腑應該互相協調，血脈應該流行通暢，筋骨應該堅固強健，精神情志應該安定和順，精氣應該上下左右流行無滯，如果能夠這樣，疾病就不會發生。然而形體是由精氣凝聚而成的，九竅五臟六腑的功能，血脈的流通，精神意志的產生，些有賴於悄氣的流通充實，所以疾病的產生，究其根源，都與精氣鬱滯有關。
《內經》繼承了先秦唯物主義的精氣學說，並加以發展，廣泛應用氣化理論解釋疾病的發生發展過程。《素問‧寶命全形》說："人以天地之氣生，四時之法成。"認為人是天地自然之氣所生成的，氣的凝聚構成了人的有形實體，同時各種無形的氣充斥全身，人體各臟腑組織的機能活動，都靠氣來推動，有形實體必須依靠無形之氣的運動才能維持生命活動。從上述思想影響和認識出發，中醫病因病機學認為，人體各器官組織乃至整體結構或功能的異常，與氣的有餘不足及升降出入等運動的異常有關，凡氣的盛衰、急緩、逆亂和鬱結，都可以形成病變。張景岳說："氣之在人，和則為正氣，不和則為邪氣。所謂"和"是指陰陽二氣處於均勢，升與降、出與入協調一致。反之，氣的有餘不足，陰陽偏勝，氣機逆亂，就會成為致病的邪氣。因此中醫學十分重視氣的有餘不足和氣機逆亂在病理過程中的重要作用，《素問‧舉痛論》明確地提出了"百病皆生於氣"這樣一個帶有指導意義的論點。
古代的唯物論者確信，引起事物變化的原因，不是事物以外的東西，而是存在於事物內部的、具有能動作用的功能活動。並用"神"這一名稱加以概括。因此，這裡所說的神與唯心主義的上帝鬼神毫無共同之處。中醫學繼承了這一樸素的唯物主義思想。《素問‧天元紀大論》說："物生謂之化，物極謂之變，陰陽不測謂之神。"認為萬物存在著存亡盛衷的變化，萬物內部陰陽二氣的相互作用是事物運動變化的原因，陰陽的相互作用奧妙神奇，不易測知，所以可以稱之為"神"。並且將中國古代哲學中關於神的思想加以發展，成為中醫理論的重要組成部分。《素問‧五常政大論》說："根於中者，命曰神機，神去則機息。根於外者，名曰氣立，氣止則化絕。"神是生命內在的根本，人和其他事物一樣，無時無刻不在運動變化著，引起這種運動變化的機能就稱為神，人一旦失去了這種機能，生命活動就會停止，所以《素問‧移精變氣論》說："得神者昌，失神者亡。"認為神的狀態集中地反映了整個機體生命機能的健康狀況，並通過脈象、舌診、色澤等變化表現出來。中醫學進一步認為形與神是不能截然分割的，《靈樞‧平人絕穀》說："故神者，水穀之精氣也。"水穀精氣是神即機能活動的基礎，神是水穀精氣所化生的生命機能活動的總的表現。就這一意義而言，二者又是相反相成，缺一不可的，二者關係的失調，例如生命功能低下不能化生精氣營血，或者營血不足使功能活動無力，都是形成疾病的重要原因。所以《素問‧上古天真論》提出，只有"形與神俱"、才能"盡終其天年"。
人的精神活動是人的生命機能的重要組成部分，因此，精神意識活動也屬於神的範圍，狹義的神即指人體這種特有的精神意識等高級機能活動。《內經》認為，五臟精氣是精神情志活動的物質基礎，正如《素問‧陰陽應象大論》所說："人有五臟化五氣，以生喜怒悲憂恐。"從這一觀點出發，中醫學建立了貫穿形神含一觀點的精神致病的病機理論。中醫學從形體與精神的辯證關係出發，認為精神失常可以是機體內部形體物質及其功能異常的結果，例如《素問‧脈解論》說："甚則狂顛疾者，陽盡在上，而陰氣從下，下虛上實，故狂顛疾也。"反之，精神意識的異常又會導致形體物質及其功能的異常，例如《素問‧疏五過論》說："暴樂暴苦，始樂後苦，皆傷精氣，精氣竭絕，形體毀沮。暴怒傷陰，暴喜傷陽，厥氣上行，滿脈去形。"精神上的突然歡樂與痛苦，都會損傷精氣，毀壞形體，暴怒可以傷陰，暴喜可以傷陽，陰陽上下升降失常，使厥逆之氣充滿經脈，形體失營，日漸消瘦。這也充分說明，精氣與神之間，存在著不可分割的聯係，它們在病理變化中互為因果，形體精氣的損傷可以引起生命機能包括精神意識的異常；反之，精神意識的異常，又會導致精氣的損傷，影響形體的健康。這就充分體現了中醫學形神合一的思想。