中醫學繼承了春秋時代進步的五行說，將宇宙自然現象的各個方面與人體生理、病理聯係起來，通過分析歸納，認為它們之間存在著密切的聯係，在形態和運動形式方面具有相同的屬性，可以將這一相同的屬性與五行中的某一行相比譬，然後歸屬於該行。如《素問‧金匱真言論》說："東方青色，入通於肝，開竅於目，藏精於肝，其病友驚駭，其味酸，其類草木。"東方、青色、肝、目、驚駭、酸，雖然屬於方位、顏色、臟腑、感官、病理、五味等不同的方面，但它們具有共同的屬性，可通過歸屬於木類，概括說明它們之間的密切關係。可見中醫學五行歸屬的真正目的，在於說明具有相同屬性的不同種類事物之間存在著相互聯係，相互影響和相互作用，中醫五行學說就在於說明生命、疾病與人體內外環境中屬於同行的種種因素之間存在著密切的聯係。因此，從病因病機學的觀點來看，五行可以看成是病理變化與內外環境種種因素的聯係模式，這一模式體現了從內外環境的聯係出發，把握病理變化的整體思想。
五行學說發展到戰國未期，已從對木火土金水五種物質之間相互關係的認識，進而推演出五行間存在的相生相克聯係的順序。《素問‧寶命全形論》記載了五行間相互克制的關係說："木得金而伐，火得水而滅，上得木而達，金得火而缺，水得土而絕，萬物盡然，不可勝竭。"五行間相生相克的固定聯係，是整個自然界保持穩定狀態必不可少的條件，張景岳《類經圖翼》說："造化之機，不可無生，亦不可無制，無生則發育無由，無制則亢而為害"。必須生中有制，制中有生，才能運行不息，相反相成。五行的生克制化規律是宇宙間的普遍規律，所以人也服從這一規律，正如《靈樞‧陰陽二十五人》所說："天地之間，六合之內，不離於五，人亦應之。"人體以臟腑為核心的五行歸屬系統也必須保持正常的相生相制的關係，才能維持自身的相對穩定。人體作為一個整體，五行中任何一個聯係的失常，都會引起整體穩定狀態的破壞而導致疾病。例如，五行結構中任何一行的"太過"與"不及"均可以導致疾病，"太過，則薄所不勝而來其所勝也……不及，則所勝妄行，而所生受病，所不勝薄之也。"(《素問‧六節藏象論》)一行太過，就會對另一行發生超過正常限度的克制：一行不及，則另一行就會乘虛加以過度的制約，形成相侮相乘等五行間生克制化規律的失常，產生疾病。
五行之間的相互關係主要是相生、相克兩個乃面，相生相克協調統一，相反相成，使五行成為一個和調的統一體，如果五行中任何一行的改變超過了一定的限度，使五行間正常的相生相克發生質的變化，出現異常的相乘相侮現象，五行之間的和調就會被打破，五行所體現的臟腑之間、臟腑與形體精神、臟腑與外界環境的協調統一就會被破壞，從而不可避免地會發生病理變化。從五行的角度來看，五行和調同樣是健康的必要條件，五行之間協調統一關係的失常就意味著疾病的發生。其詳細內容將在第二章中加以論敘。