因果聯係是客觀世界內在本質聯係的表現形式之一。在疾病的發生和發展過程中，病機與證候、病機與病機之間也存在著廣泛的因果聯係。中醫學從這種因果聯係出發，採用由果析因的認識方法，探求引起證候的原因，並由此而認識疾病的病理過程。
就人體的疾病而言，表現於外的各種證候(症狀、體徵和證)是結果，機體內在的病理過程是因，證候是由病理變化產生的，二者之間存在著內在的必然性聯係，因此可以通過精細地分析證候，尋求產生證候的原因的方式，來認識疾病的病理變化。《靈樞‧本藏》說：視其外應，以知其內藏，則知所病矣。"就是通過觀察作為結果的表現於外的證候，可以知道引起這一結果的內藏異常變化和病理過程。這就是由果析因的認識方法。這種認識方法具體表現為"審證本因"的原則。按照廣義的解釋，"因"，不但包括了疾病的原因，也包括了疾病的本質相病理機轉。中醫學在長期的臨床實踐過程中，早就掌握並自覺地應用了由果析因的認識方法。例如，當看到發熱、惡風、汗自出、鼻鳴乾嘔，作為一組證候出現時，就會從中醫學基本理論出發，通過分析，去探析引起這一證候的病理過程，即認為：發熱惡寒是"陽浮"，是因為風性疏泄，衛陽浮越，邪正相爭的結果；汗自出是朋弱"，堤由於衛氣浮洩於外，不能固密，營陰不能內守所致。這樣，通過由果析因，便認識了太陽中風，營衛不和，衛強營弱的病因病機。
在以果析因方式為主探討疾病因果聯係規律的基礎上，中醫學十分重視對疾病過程中一因多果、一果多因、多因多果等複雜狀況的認識。
首先，同一原因，由於時空條件及體質、宿疾、情緒等因素的不同，可以導致不同的病理變化，形成不同的證候。例如，同屬外感風寒之邪，作用於不同的個體，可能產生不同的結果。素體氣虛、陽虛之人，邪多從陰寒化，呈現表裡俱寒的證候；而素體陽盛之人，邪多從陽熱化，呈現表寒裡熱或表裡俱熱的證候。通過一因多果關係的探索，尤其是對引起不同證候的病機共性的揭示，為"異病同治"的治療原則奠定了認識論基礎。其次，在相同的疾病可以為不同的原因所引起的探索中，不斷豐富對疾病病機的認識。例如，同是嘔吐，有用溫法而愈的，又有用寒法奏效的，更有用寒熱並用治療的，這就說明胃氣虛寒、胃中實熱和寒熱互結，均可使胃氣上逆，引起嘔吐。通過這種一果多因關係的探索，大大豐富了胃氣上逆病機的認識，從而為中醫學"同病異治"的原則奠定了認識論基礎。
再次，一些複雜的疾病，常常會出現由不同的病理過程形成的幾組不同的證候。通過對這種證候與病機間多因多果複雜聯係的探求，進一步豐富了中醫學對病機的認識，並且對於病理過程的認識更加符含複雜疾病發生演變的客觀規律。例如，中醫學對表證兼痞證病機的認識過程，就體現了上述認識方法。患者症見惡寒，病屬在表：又見心下痞滿，病屬在裡。因此，作為結果而言的證候有兩個。通過具體的分析認為，太陰之邪未解是引起惡寒的原因；心下痞滿，則是由於治療失當，先下復汗，致邪熱內陷，結於心下，作為原因而言的炳機也有兩個方而。因而在治法上，就應先解表，然後用清裡洪治痞。這種認識方法，能夠使人們通過分辨證候出現的先後次序及其性憤的差異，把一組複雜的證候，看成是一個由不同的原因引起的幾個不同結果組成的統一體來加以認識，再通過對引起這些證候的不同病機的探求，去認識存在於同一疾病中的不同病理過程以及它們之間的演變過程。
另外，在疾病的發生發展過程中，不但證候與病機之間存在著因果聯係，病機與病機之間也存在著因果聯係，以及因果互轉化的辯證關係。病理過程對於由它所引起的證候而言是因，但它又可以由另一個病理過程引起，從這一角度來說，它已由因轉化為果。例如，胃痛的病機是胃氣阻滯，不通則痛，胃痛是結果，胃氣阻滯是病機，是原因。但胃氣阻滯又是由於肝氣鬱結，橫逆犯胃引起，因此它又是後者的結果，正是由於中醫學把握了這種因果相互轉化的辯證關係，所以就能夠深入和全面地了解到病機中隱藏較深的本質，就能夠從錯綜複雜的證候和病機演變中，用動態變化的觀點認識疾病的渦理過程。在複雜的疾病中，一個病理過程可以引起另一個病理過程，前者是因，後者是果。但反過來，後一個病埋過程又可以強化前一個病現過程，成為造成前一個病理過程進一步發展的原因，這就是存在於病機自身發展過程中的因果反饋現象。例如，在脾胃陽虛，水飲不化，飲邪內阻這一病理過程中，腫胃陽虛是因，飲邪內阻是果。但飲邪內阻反過來又能阻滯脾胃陽氣的開發，使脾胃陽虛益甚，飲邪內阻又成了脾胃陽虛之因。因此，在治療上，不但要溫脾而且要化飲，只有這樣才能切斷病理過程中的反饋雙方的聯係，達到較好的治療效果。如若中醫學不是從因果間互為囚果的辯證關係出發，認識病理過程中存在的反饋，是不可能制定出同時針對互為因果雙方的治療方法的。
總之，中醫學從對疾病與病因、證候與病機、病機與病機間的因果聯係的分析出發，並進而運用辯證的思維方法，掌握了一因多果、一果多因、多因多果、因果轉化和互為因果的辯證關係，這就便中醫學所認識的疾病病理過程符合於客觀存在的疾病的本質和規律。因此可以認為，由果析因的認識方法，是中醫學認識病機的只有特殊意義的思想方法。