中醫學認為，人體是一個有機的整體，人體內部各臟腑組織之間以及人體與外界環境之間，保持著相對的動態平衡，從而維持著人體的健康與正常。一旦這種平衡狀態受到破壞和發生紊亂，就會發生疾病。引致人體相對平衡狀態紊亂或破壞而發生疾病的原因就是病因。從廣義的概念出發，病因不但包括了引起疾炳的原因，還包括了同時影響與作用於病因和機體雙方的其它因素。研究各種致病原因和因素的致病特點、致病規律及其相互關係，以指導疾病治療和預防的科學，就是中醫的病因學說。它足中醫學術體係的重要組成部分。
中醫學對於病因的認識，是在其獨特的理論體係指導下加以認識和論述的，並且主要是從致病因素加以認識和分類的，從而形成了獨特的中醫病因理論。首先是以陰陽學說對疾病的原因作出樸素的解釋和分類。如《素問‧調經論》說："夫邪之生也，或生於陰，或生於陽。其生於陽者，得之風雨寒暑，其生於陰者，得之飲食居處，陰陽喜怒。"這裡所說的"邪"，就是對致病原因和因素的概括，並分為陰、陽二類。其次是正邪相爭的概念在病因理論中佔有重要地位。認為："正氣存內，邪不可干"，"邪之所湊，其氣必虛。"這種重視和強調內因在疾病發生上的重要性的認識，是非常可貴的。張仲景在《金匱要略‧臟腑經絡先後病脈證》中對病因作了歸納，提出"千般慶難，不越三條：一者經絡受邪入臟腑為內所因也；二者四肢九竅，血脈相傳，壅塞不通，為外皮膚所中也；三者房室、金刃、蟲獸所傷。以此詳之，病由都盡"。這也是對病因的又一分類和概括。至宋代陳無擇著《三因極一病證方論》，從天人表裡立論，稱六淫所感為外因，七情所傷為內因，飲食、勞倦、房室、跌仆、金刃以及蟲獸所傷為不內外因。這就是中醫病因學中的"三因"學說。其後，不少醫家又概括為"內因"和"外因"兩大類，如陸士鍔在《醫學南針‧治病總論》中說："內因、外因為病之根源，玆分兩種，便於認證也"。傳統上一般將風寒暑濕燥火的六淫和戾氣等稱為外因；將七情、房室、飲食、勞倦等稱為內因。以上種種分類方法，雖然在對病因的認識上和辨證治療上，超過一定的積極作用並具有一定的實際意義，但由於致病因素的複雜性和多樣性，因而不免失於籠統和簡單，值得重新加以歸納劃分。根據中醫關於致病原因和因素的豐富內容，可以將致病因素劃分為以下幾個方面：
- 氣候異常。《素問‧生氣通天論》說："春傷於風，邪氣流連，乃為洞洩；夏傷於暑，秋為痿瘧；秋傷於濕，上逆為咳，發為痿厥；冬傷於寒，春必溫病。四時之氣，更傷五臟。"清‧喻嘉言倡"秋傷於燥°一說，又補充了這一內容。實即包括六淫致病和時令氣候因素兩個方面。
- 地土方域。此與氣候因素有密切聯係，但又有區別，包括地質特證及風俗習慣等因素在內。如《素問‧異法方宜論》提出，由於居處水土地勢之不同，生活習慣之異殊，有所謂"東方之域"、"西方之域"、"北方之域"、"南方之域"、"中央之域°，其致病各有不同的論述。
- 時行疫病之氣。《巢氏諸病源候論‧殃注候》說："人有染疫病之氣致死，其餘殃不息，流注子孫親族，得病證伏與死者相似，故名為殃注。"明‧昊又可在《溫疫論》中提出："夫溫疫之為病，非風、非寒、非暑、非濕，乃天地間別有一神異氣所感。"這種異氣、戾氣和疫病之氣，實際上就是指的生物性致病因素。
以上三者可稱之為"自然因素"。
- 飲食勞倦。包括飲食不節、飲食偏嗜及過度勞累等。如《素問‧五臟生成篇》說："多食鹹，則脈凝泣而色變；多食苦，則皮搞而毛撥：多食辛，則筋急而爪枯；多食酸，則肉胝胎而唇揭；多食甘，則骨痛而發落。"同書《痹論》又指出："飲食自倍，腸胃乃傷"；《本病論》說："飲食勞倦即傷脾"等。
- 房室勞傷。縱欲不節常可導致身體虛弱，百病叢生，甚至病入膏盲而不可救藥。《素問‧上古天真論》指出："醉以入房，以欲竭其精，以耗散其真，不知持滿，不時禦神，務快其心，逆於生樂，起居無節，故半百而衰也。"張景岳也說："思想無窮，所願不得，欲火搖心，真陰日削，遂致虛損不救。"充分說明房勞傷精致病的重要性。以上二種可稱之為"生活因素"。
- 情志因素。中醫學傳統上將此列入內因之中。其實，情志所傷，既有因於外界刺激而引起的，也有由於內藏病變所致的。如《素問‧宣明五氣篇》說："精氣並於心則喜，並於肺則悲，並於肝則憂，並於脾則畏，並於腎則恐，是為五並，虛而相並者也。"《調經論》又說："血有餘則怒，血不足則恐"。這種精神活動的反應超越常度，又能反過來影響內藏的功能，如《素問‧五運行大論篇》即有"怒傷肝"、"喜傷心"、"思傷脾"、"憂傷肺"、"恐傷腎"的論述。
- 體質因素。這是內因的主要方面。不但影響著疾病的感受，而且司以影響到疾病的演變相轉歸。如素體陽虛則易感寒邪，病後多從寒化；素體陰虛則易感溫邪，病後多從熱化。小兒之體稚陰稚陽，為病則易虛易實，易寒易熱等。此外，性別與發病亦有密切關係。經帶胎產諸疾顯然為女性所特有，而遺精、陰痿等症則為男性所獨具。另如胎傳，則是在妊娠期間疾病由親傳子，包括遺傳所致，或通過胎盤直接傳入。《幼幼集成‧胎病論》中有胎弱、胎毒、胎寒、胎熱、胎搐等論述，在"楊悔瘡證"一節中更明確指出是"由於父母胎毒傳染所致"。除疾病外，先天稟賦與胎傳亦直接有關，而稟賦強弱又與日後體質狀態密切相關。
以上可視為引致疾病的內在因素。
- 痰飲、瘀血等。由於疾病或臟腑功能失調而產生和形成的病理產物，在一定階段和條件下，又可成為另一些疾病發生形成的原因，這就是因果轉化的關係。此可稱之為"內生因素°。
由此可見，中醫對致病原因的認識，是綜合性的多病因或多因素說，這是中醫病因學的一個顯著特點。這種多病因學說辯證的綜合性，突出地表現在：
- 多種外因可以同時發生致病作用。如風、寒、暑、濕、燥、火可以單獨致病，也可以相合致病。如濕邪兼寒，則為寒濕；兼風，則為風濕；兼熱，則為濕熱；兼暑，則為暑濕；風、寒、濕三氣可雜至而為痹證等。
- 外因與內因總是同時發生作用，並導致不同的證候類型。"正氣存內，邪不可干"，沒有內因之虛，單有外因之邪，並不完全都釀成疾病。既有外邪，又有正虛，則必然形成疾病，並且其證候類型往往決定於內外因相互作用的結果。如"寒"邪作用於陽虛內寒之體，往往形成直中三陰之證。而"寒"邪作用於陽熱亢盛之體，則化熱較快，並多易形成裡熱實證。又如同為感受濕邪，陽盛者易於燥化、熱化，陰盛看則易於濕化、寒化等等。
- 新病與舊病往往相互作用而使病理過程複雜化。如"新感引動伏邪","新病引動宿疾"等。《靈樞‧賊風》篇所說："此亦有故邪留而未發，因而志有所惡，及有所慕，血氣內亂，兩氣相搏"而發作者，均屬此種情況。
- 某些內生性病理產物，有時可以相互作用，互為因果，循環往復而使病情複雜化。如痰和瘀是因臟腑功能和氣血流行失常而發生的兩種病理產物，二者又可以互為因果、互相轉化而為病。庸容川《血證論，咳嗽篇》說，"須知痰水之壅，由瘀血使然，但去瘀血則痰水自消","血積既久，亦能化為痰水"，即是說由瘀血可以化生痰水。而《靈樞‧百病始生》又說："汁沫與血相搏，則並合凝聚不得散，而積成矣"。則是說明痰與血相並而成瘀成積的病理。
病因、發病與病機是整個疾病三個密切相關的環節，彼此緊密關聯。特定的致病因子，作用於特定的對象，具有特定的發病方式和特定的病理過程，從而形成特定的證候類型。這是受因果規律的必然性所支配的。由於病邪種類不同，受病條件不同，受邪部位不同，加以病者體質強弱的不同，必然導致臨床證候的千變萬化，在病理上也各有其特殊規律。另一方面，由於內在因素的作用和影響，在不同的病因引致的不同疾病的病理變化中，又存在著相同的病理機制和共同的一般規律，也可以表現出相同的證候類型，後者更為深刻地反映和揭示著疾病的本質。也就是說，不同的病因，可以有相同的發病和共同的病機演變。因此，在了解不同疾病、不同病理變化的特殊規律的基礎上，掌握疾病發生發展的共同規律，更能有助於對疾病本質的深刻認識，更能有效地指導疾病的辨證治療。