地理因素是指不同地域、地勢、地質水土與生活習俗等，對人體的致病作用和對病情的影響。由於人類生活居處的方域有東西南北之異，地勢有高下燥濕之殊，水土有厚薄之分，氣候有涼熱之別，此活習俗與飲食習慣亦各有不同，對疾病的發生和流行就有不同的作用和影響。一般說來，西北之域，地勢高峻，居處乾燥，氣候寒冷而多風，水土剛強，人之膜埋常閉而少開，故多風寒中傷或燥氣為病；東南之方，地勢低下，屬處卑濕，氣候溫暖或炎熱潮濕，水土薄弱，人之腠理常開而少閉，故多濕邪或濕熱為病。所以，《丹溪心法》說："西北二方，極寒肅殺之地，故外感甚多；東南二方，溫和之地，外傷極少"。這裡的"外感"、"外傷"，主要指寒邪而言。又說："東南之人，多是濕土生痰，痰生熱，熱生風"。這裡的"風"，則是指內風而言。《證治匯補‧濕證》亦說："東南卑下，山澤蒸氣，濕從外入，自下而上……。西北地高，外燥內濕不得宣越，從內外發。"《素問‧異法方宜論》曾總結說，此皆"地勢使然也"。這是古代醫家對於方位異殊等地理因素致病規律的認識。
其次，從現代流行病學和地質學研究得知，地殼表面元素分布的不均一性，在一定程度上影響著世界各地區人類乃至所有生物的生長發育和生理、病理，使得一些疾病帶有強烈的地區性和地方性。例如我國東南沿海及長江流城，即多血吸蟲病和鉤端螺旋體病之流行，而東北。四北二刀朋很少或無有；後省則多有克山病及大骨節病的發生，而東商地區則較少見；鼻咽癌以廣東為高發，食道癌則以華北、西北一些地方及習食酸菜的地區為多發；痿病則以水土作物中缺碘之地易發。又如東南之地多沙虱、水毒為患，嶺南及滇南又多瘴瘧為病；近海、近水、近濕者多濕氣、濕痹；近山傍林者則多受山嵐障氣為病；城居者多情志力病或中風、胸痹，鄉居者多六淫外感或蟲症、痹證，都是方域地勢和水土居處影響疾病發生的表現。
另外，居處方域和生活環境的驟然遷移或改變，也可因一時不能適應而造成疾病的發生或加重，同時也可因此而導致一些疾病的減輕或向愈。前者一般稱之為"水土不服"。如《諸病源候論‧痢疾諸候》中說："夫四方之氣，溫涼不同，隨乃嗜欲，因此成性。若移其舊土，多不習服，必因飲食，以入腸胃，腸胃不習，便為下痢，故名不服水土痢也"。其實因飲食腸胃不習而致病，僅僅是水土不服的一個方面，它還包括了氣候環境和生活習俗的不適應。例如從內地初至邊疆，從平原初到高山、高原，由南乃遷屬北方，從溫暖炎熱之地初至嚴寒冷冽之鄉，從城居初到鄉居等，都常可出現不適反應以至發生相應的疾病，有的引起舊有疾病的發作與加重。另有一些疾病，往往可因易地而減輕或同愈，如冷哮病者，移居南方溫暖之地，或熱哮病者移居北方涼冷之地，常可停止發作或不發。一些風癰、癮疹病者，亦可因移易居處地區而向愈等。可見方域之殊與地勢之異對疾病的影響有密切關係。