伏邪學說肇源於《內經》。《素問‧生氣通天論》所說"冬傷於寒，春必病溫"，開創了伏寒化溫理論的先導；《素問‧金匱真言論》"藏於精者，春不病溫"，則從內在因素方面指出了陰精不足是包括伏氣溫病在內的溫病發病條件；《素問‧刺熱篇》說："其熱病內連腎"，說明伏氣溫病的病變部位與腎相關。《傷寒論‧平脈法》說："伏氣之病，以意候之"，提出了伏氣溫病的名稱；同書太陽病第6條"太陽病發熱而渴，不惡寒者為溫病；若發汗已，身灼熱者，名曰風溫"的論述，則被認為是伏熱外發的臨床表現及其治療禁忌的記載。晉‧王叔和腑《傷寒例》中首先提出邪伏部位是寒毒藏於肌膚。他說："中而即病者曰傷寒，不即病者，寒毒藏於肌膚，至春變為溫病，至夏變為暑病。"同時，王氏還指出引發伏邪的因素是"更感異氣"。並根據引發因素的不同，對伏氣溫病予以不同命名，如"重感於寒者，變為溫瘧"；"更遇於風，變為風溫"；"更遇溫熱，變為溫毒"；"更遇溫氣，變為溫疫"等。隋‧巢元方《病源‧溫病發斑候》又認識到不獨伏寒化溫，更有"冬時天時溫暖，人感乖戾之氣，未即發病，至春又被積寒所折，毒氣不得發洩，至夏遇溫熱，溫毒始發出於肌膚，斑爛隱軫，如錦文也"。這就突破了伏寒化溫單一因素的局限。宋‧朱膿對伏邪的引發因素作了重要補充，指出伏邪為氣候引發。他在《活人書》卷五中說："其不即時而病者，寒毒藏於肌膚之間，至春夏陽氣發生，剛來薄與陰氣相薄於榮衛之間"。金‧劉河間認為伏氣溫病，四時皆有，擴大了伏氣溫病的範圍。至於邪伏部位，歷代醫家認識不一，如王叔和主肌膚說，巢元方主肌骨，吳又可則主募原等。至清‧喻嘉言復倡三綱鼎立學說，謂冬傷於寒，伏在肌肉；冬不藏精，伏在骨髓；冬不藏精復冬傷於寒，則內外受邪。雷少逸則提出邪伏部位隨內在因素而有異，如腎虛之體，則伏賊於少陰；勞苦體實之人，則伏藏於肌膀，其說較切合實際。關於伏邪外發的途徑，張石頑認為必從少陽而出。提出"伏邪自內達表，必先少陰經始"(《傷來緒論‧總論，溫病》)。柳寶治《溫熱逢源》則指出"必從經氣之虛處而出"。何廉臣則認為，凡伏氣溫病，皆是伏火。總之，伏邪之說，歷代沿襲，至今仍為醫家所重視。
如前所述，邪氣的伏匿和發病均有一定條件。首先，在邪氣的感受程度方面，如感邪不盛，亦難覺察。如《靈樞‧邪氣臟腑病形篇》云："正邪之中人也微，先見於色，不知於身，若有若無，若亡若存，有形無形，莫知其情"。《內經》所言正邪是指六淫從時令旺方來者，如冬以寒為正邪，故冬傷於寒，令人不覺，至春變為溫病。吳又可亦說："感之淺者，邪不勝正，未能頓發"《溫疫論‧原病》)。在體質因素方面，正氣不足，邪氣即得以乘虛藏。如腎精虧虛，寒邪易於深入內伏，漸從熱化；或正氣先餒，致邪氣深伏，不能託邪外達等。邪伏部位亦常隨體質狀況而異：勞動體健，正氣相對較盛之人，多伏藏於氣分，如募原、三焦等處；稟賦素虧，陰液不足之體，多伏藏於營血分；如陰精素虛者，則易伏匿於少陰。此外，邪伏部位與感邪性質亦有一定關係：如寒邪多藏於少陰腎，暑濕常伏於少陽三焦相募原等處。其次，在伏氣的發病方面，伏邪可為多種因素所引發。首先是氣候因素：如春季溫暖，陽氣升發，則引動在裡伏熱；亦可由外感時令之邪而引發，一般稱"新感引動伏邪"；他如飲食不節、過度勞累，情志不遂等，均可使正氣受傷而致伏邪從裡外發為病。如吳又可說："飢飽，勞碌，憂思，氣怒，邪氣始得張溢"(《溫疫論，原病》)。
至伏邪外發的途徑和方式，或由裡而達表，或由裡而再裡。正如柳寶治說："伏溫由陰而出於陽，於病機為順。若病發於陰而即潰於陰，不達於陽，此病機為逆。"《溫熱逢源‧伏溫陰陽淆亂見證錨雜》)。其臨床表現，由於伏邪內潰，裡熱外發，充斥肆逆，故多呈現一派裡熱灼熾證候，如灼熱、躁煩、口渴、尿赤、斑疹、吐血蛆血、痙厥、舌紅絳無苔等。如由外感引發者，亦可兼有惡寒發熱的表證。其特點為病程較長、病勢較重、病情多變而纏綿難愈，非伏邪透盡，則邪熱不解。
伏氣溫病的治療，一般以直清裡熱為主，若兼有表邪相表證者，則宜兼以解表。故王安道說："法當清裡熱為主，而解表兼之，亦有治埋而表自解者"(《醫經溯洄集，傷寒溫病熱病說》)。王孟英則指出，如"起病之初，……但察其脈軟而或弦，或微數，口未渴而心煩惡熱，即宜投以清解營陰之藥。追邪從氣分而化，……然後再清其氣分可也"(《溫熱經緯‧葉香岩外感溫熱篇》)。葉天士在主張"苦寒直清裡熱"的同時又提出，"若因外邪先受，引動在裡伏熱，必先辛涼以解新邪，繼進苦寒以消裡陽熱"(同上書《葉香岩三時伏氣外感篇》)。以上三家之論，概括說明了伏氣溫病初起的幾種不同發病情況和治法。