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從經絡理論來分析，腧穴從屬於經絡，它是通過經絡系統與體內的臟腑和有關部位相聯繫。形式上，腧穴與經絡是「點」與「線」的關係。這些「點」有的直接與經脈相通，有的與其「支而橫者」的絡脈相通，位置有深有淺，區域有大有小。如位於四肢末端的穴位較小較淺，位於大關節附近的穴位則較大較深。《內經》稱腧穴為「脈氣所發」和「神氣之所遊行出入」處，即指腧穴為經絡氣血集散之處，這是腧穴輸注氣血的特點。

腧穴與臟腑密切相關，在疾病情況下，腧穴有反映病痛的功能。《素問‧氣穴論》說「孫脈」（細小的絡脈），能「以溢奇邪，以通營衛」。腧穴即當孫絡和衛氣散佈的所在。

腧穴部感覺、色澤和形態的異常，在一定程度上能反映出臟腑經絡的病變。其主要表現在壓痛、酸楚、硬結、隆起、鬱血、松陷等。明代張介賓于《內經》：「留瘦不移，節而刺之」的註解中說：「凡病邪留不移者，必于四肢八溪之間（指四肢關節）有所結聚，故當于節之會處索而刺之。」結聚，當是指皮下硬結等現象，這種現象的出現并不限定在四肢，更多見於軀幹部穴位。它既可反映局部軟組織的疾患，還可反映臟腑病症。如肺臟病症常可在中府、肺俞、膏肓俞等穴出現壓痛；冠心病病人可在神堂出現壓痛；胃下垂病人常在足三里處出現條索狀物，中脘處出現結節，胃俞處出現凹陷等。要據穴位能反映臟腑病症這一特點，近代還發現了一些新的穴位，如在小腿外側部的足三里和上巨虛之間找到反應闌尾病變的闌尾穴。近人還應用了穴位溫度測定、電學測定、光學測定等法，以進一步探索研究腧穴和臟腑及其疾病的關係。

明‧汪機《針灸問對》說：「經絡不可不知，孔穴不可不識。不知經絡無以知氣血往來；不知孔穴無以知邪氣所在。知而用，用而的，病乃可安。」指出了經絡與穴位的關係及其重要性。針灸等法都是通過作用於腧穴而實現的，它基於經絡腧穴所具有的傳導感應和調整虛實的功能。針刺穴位時所出現的「得氣」和「行氣」現象就是經絡傳導感應功能的具體表現。《素問‧五藏生成》解釋穴位的特點時說：「此皆衛氣之所留止，邪氣之所客也，針石緣而去之。」針灸等法就是通過穴位來調氣，以補虛瀉實，扶正祛邪。針刺穴位首先接觸到衛氣，其次到營氣，再次到谷氣，到達谷氣即出現應有的感應。「刺之要，氣至而有效」，主要是指谷氣。《千金翼方》說：「凡孔穴者，是經絡所行往來處，引氣遠入抽病也。」說明穴位是通過經絡而與人體各部發生聯繫，能「引氣遠入」而治療有關病症。近代大量的觀察和研究證明，針刺穴位所起的調整作用是多方面的，除對神經系統功能有明顯影響外，還對內分泌、呼吸、血液循環（包括微循環）、消化、排泄、防禦等系統的功能以及體溫與物質代謝等方面的調節都有著不同程度的影響。