一、辨證與辨經
針灸治療首先須掌握辨證與辨經的關係。辨證是掌握總體疾病總是表現出有關的症狀和體征，這些在中醫學中總稱為「證」或「證候」(「症」是後起字，古代只用「證」字。因而證候的「證」與症狀的「症」古代是不分的)。證，具有告訴、憑證、驗證的意思；候，具有徵兆、伺候、診察的意思。可知「證」或「證候」，是包括病人自訴的症狀和醫者所能診察到的體征。辨證，就是對這些疾病現象進行具體的分析和判斷。證，即有表現于外部的「外證」，也有出現于身體內部的「內證」。對「內證」的診察，尤須借助各種檢查方法，以求得對疾病本質的瞭解。證候表現于一定的部位，有寒熱、虛實的不同性質，併發生在疾病的不同階段，這些病位、病性、病程，都成為辨證的主要內容。辨經，即是辨識疾病的具體部位，這也是《靈樞‧官能》所說的：「察其所痛，左右、上下；知其寒溫，何經所在」；《素問‧皮部論》說的：「別其分部，左右、上下、陰陽所在，病之始終。」證候分屬於陰陽經脈，陰陽經脈分為上下、手足，手足經脈又分為左右兩側。所說的「分部」，就是按六經皮部來分析病症部位；「病之始終」，則是從疾病發展過程來分辨六經所屬。辨證，可以說是以經絡理論為綱來分析全身證候。外證，有部位可循；內證，有臟腑可屬。上下之辨，又可分為三焦，各就其重點所在判別其病位和病機，為循經用穴提出合理的依據。辨證要對全身證候作全面的瞭解。從部位來說，要注意上與下、左與右的不同；從疾病的發生發展來說，要注意其先後的變化。不能只顧局部而忽視整體，只顧眼前而忽視其發展過程。
二、治療與治本標，指末梢；指根本。用「標」與「本」來分析各事物的主次關係。針灸治療的標本，首先要辨明疾病的標本。一般先病是本，後病是標；主證是本，兼證是標；臟腑病是本，經絡病是標；內病是本，外感是標。本病與標病之間具有互相影響的關係：一般情況下，治療應以治本為主，或治本與治標兼顧，特殊情況下則以治標為主。這就是「急則治其標，緩則治其本」的施治原則。其次要掌握用穴的標本。據經絡標本理論，四肢經穴為本，頭身經穴為標，而任督脈經穴又為全身經穴之本。這在選穴施治上大有講究意義。如對新起的實證，可先取四肢的本部穴，後取頭身的標部穴；對久病的虛證，可先取頭身的標部穴，後取四肢的本部穴。根據病情輕重，或治標，或治本，或標本同治。這也是《靈樞‧病本》所說的：「病發而有餘，本而標之──先治其本，後治其標；病發而不足，標而本之──先治其標，後治其本。謹詳察間(輕)甚(重)，以意調之。間者并行，甚者獨行。」例如哮喘患者，病之本在肺，病之標在胸背和上肢。如果新得感冒，見寒熱、頭痛等，這是標病，「急則治標」，則當先治其寒熱、頭痛等，以後再治哮喘，求其「緩則治本」。對哮喘的發病也有個治標治本問題。實證瀉其尺澤、魚際，是取本部穴；虛證灸肺俞、膏肓俞，是取標部穴。久病還可取用任督脈上的大椎、天突，以及從腎氣論治而取氣海、關元等，這也是遵照「治病必求于本」的道理。
三、補虛與瀉實
「虛」是指人體的正氣虛弱，「實」是指邪氣偏盛。邪正的盛衰決定著病變的虛實，虛實是區別人體病性的兩大綱領。補虛就是扶助人體的正氣，增強臟腑器官的功能，補益人體的陰陽氣血以抗禦疾病。瀉實就是驅除邪氣，以利于正氣的恢復。針灸的「補虛」與「瀉實」，是通過針和灸的方法激發機體本身的調節機能，從而產生補瀉的作用，達到扶正祛邪的目的。補法包括「虛則補之」，「陷下則灸之」二方面內容。虛則補之，系指在邪正鬥爭中，如果正氣不足，并為矛盾的主要方面時，其症狀多表現為虛證。如大病久病，消耗精氣，或大汗、吐利、大出血損傷陽氣、陰液，均會導致正氣虛弱，機能減退，表現為面色芬白或蔞黃，精神萎靡，身疲乏力，心悸氣短，形寒肢冷，或五心煩熱，自汗盜汗，大便滑脫，小便失禁，舌上少苔或無苔，脈弱無力等。其中陽虛、氣虛者，毫針刺用補法，并灸，以振奮陽氣；陰虛者，毫針刺用補法，以養其陰。
「陷下則灸之」，出自《靈樞‧經脈》篇。「陷下」有兩種含義，一是指中氣下陷，失于固攝；一是指脈象沉下，沉脈無力者多屬氣虛證或陽氣虛脫。對氣虛證、陽虛證，應該用灸法進行治療。如陽氣暴脫，汗出不止，肢冷脈微者，應取神闕、關元、氣海等穴，用大艾炷重灸，以回陽固脫；對脫肛、子宮脫垂等中氣下陷證，應當艾灸百會、氣海等穴，以升舉下陷之氣。瀉法包括「盛則瀉之」、「滿則泄之」、「宛陳則除之」、「血實者決之」等內容。盛則瀉之，指邪氣亢盛如發熱、腹脹痛拒按、胸悶、煩躁，甚至神昏譫語，呼吸氣粗，痰涎壅盛，大便秘結，小便不利，舌苔厚膩，脈實有力。治療應該用瀉法，或作毫針瀉之，或用三棱針放血，或用梅花針重叩出血，以祛除病邪，邪去正安，疾病才能向愈。滿則泄之，滿與盛之意相同。「宛陳則除之」，「宛」通郁，即氣血郁滯，以刺血法瀉之，活血除瘀通絡。「血實者決之」出自《素問‧陰陽應像大論》，「實」指邪實即血中邪氣亢盛或為邪毒壅于血分之血熱證，或瘀血痹阻的瘀血證。「決」者瀉也，有破血之意，可用刺血的方法治療。四、調氣與調神針灸的治療作用著重一個「調」字，總稱為「調血氣」，重點則在「調氣」。《靈樞‧刺節真邪》說：「用針之類，在于調氣」；又說：「弗之火調，弗能取之。」說明針法和灸法的作用都在于「調」，從調局部的氣血到整體的氣血，以達到「陰陽平復」。「氣」的活動是以「神」為主導，針刺通過調氣可以達到治神，充分發揮神志的作用則可以更好的調氣。所以醫生治病時，首先要集中思想，「必一其神，令志在針」，這樣對病人才能起到「以移其神，氣至乃休」的效果。氣，主要指針下之氣，還指隨針刺感應而出現的機體機能變化。調氣是調針下之氣，也是調全身之氣。治神，包括調整醫生和病人雙方的精神狀態，要發揮兩方面的積極性。王冰對《素問》「凡刺之真，必先治神」一語的註釋說：「專其精神，寂無動亂，刺之真要，其在斯焉！」指的是神定而氣隨。後來竇漢卿在《標幽賦》中寫道：「凡刺者，使本神朝而後入；既刺也，使本神定而氣隨。神不朝而勿刺，神已定而可施。」則是要求在病人精神會聚和安定的情況下針刺。神定而後氣隨，在得氣的基礎上運用補、瀉、導氣等法以調其氣。治療的全過程都得注意觀察病人的神情變化。