針灸意外可分為反應性損傷、物理性損傷、化學損傷及生物性損傷四類。
一、反應性損傷：它是針灸過程中，由於被針灸者心理狀態不穩定、飢餓、疲乏、體質過敏等因素，或由於針灸刺激量過大，時間過長等引起的患者一系列機體功能紊亂。反應性損傷包括最為常見的反射性昏厥(暈針、暈灸、暈罐)，尚有過敏性反應(如過敏性皮疹)，癔症樣反應、激光反應等。目前尚不清楚其本質的經絡反應(循經出現的功能障礙、經絡皮膚病等)，也應歸屬此類。
二、物理性損傷：由於針刺、艾灸(也包括拔罐)使用不當，過強的物理刺激(機械刺激或溫熱刺激)作用於機體，引起組織或器官的解剖完整性的破損，稱為物理性損傷。鑒于目前臨床上普遍採用隔物灸，直接灸很少使用，因溫熱刺激造成的物理性損傷報道不多，而拔罐時間過長，雖可出現水泡等現象，但對機體損傷不大。所以，物理性損傷中最普遍，危害最為嚴重的應是針刺機械性損傷。針刺造成的機械性損傷，涉及內臟、神經、血管等。機械性損傷的特點是，從損傷後至臨床上出現相應症狀的時間一般不太長，其因果關係易于確定。機械性損傷是所有針灸損傷中最為嚴重的一種，其嚴重程度又與所損及的臟器有關。一般而言，以損傷中樞神經組織和重要臟器的後果最為嚴重，往往導致死亡。機械性損傷也是針刺損傷中十分常見的一種，如氣胸就是最多見的機械性損傷。三、化學性損傷：它是指針刺治療過程中，由於在穴位中注射某些化學藥物而導致的機體組織的損傷。化學性損傷是伴隨著穴位注射療法的開展而出現的。由於注射部位的不同，大體上可分為三類，即：軟組織損傷(多發生於前臂和手部的一些穴位作穴位注射時，可造成手的畸形和功能障礙)，周圍神經損傷(常見橈神經、尺神經、正中神經和脛神經損傷，出現相應的臨床症狀)，血管損傷(以血栓性脈管炎的發生率最高)。導致化學性損傷的原因，除了操作不當外，往往與所注射的藥液密切相關，包括藥液的性質、酸鹼度、濃度及劑量大小等。化學性損傷的發生率也相當高，尤其是因穴位注射導致手部畸形的病例，更居於各類針刺損傷之冠。化學性損傷後果的嚴重程度雖不及機械性損傷，但因其出現普遍，加之近年來不斷有新藥加入穴位注射行列，故對此類損傷切不可掉以輕心。
四、生物性損傷：主要是指針刺引起的繼發性感染，即通過針具(毫針或穴位注射的注射針頭、皮膚針、三棱針等)，將病原微生物，即寄生虫、細菌、病毒等，植入被針灸者機體所導致的損傷。這種損傷又分為二類，一類是針具本身消毒不嚴，將外界的致病微生物帶入被針者的機體，引起感染。如各種化膿性感染及由此導致的敗血症、膿毒血症等，多為細菌所致；另一類是通過未經嚴格消毒的針具將其他患者體內的病原微生物傳播給被針者，針具成了傳播媒介。其中以傳播病毒性乙型肝炎最常見，也最危險，此種情況多見於病毒感染。此外，尚有通過針具移植包虫的報道。