一、辨病取穴
辨病取穴，主要是根據西醫疾病診斷，來進行頭針處方取穴。
根據疾病的病變部位進行頭針取穴，以焦氏和方氏體系的頭針刺激部位為主。且以中樞系統病變為代表。例如急性腦血管病出現偏癱，其病變部位在中央前回和中央後回，則分別取用運動區(倒像)和感覺區(倒像)。如用頭針穴名標準化方案，則分別為頂顳前斜線和頂顳後斜線。急性腦血管病所導致的失語，其病變部位在布洛卡區(Broca's區)、顳上回後部和角回等大腦皮質功能定位區，從而產生運動性、感覺性、命名性失語等，其相應的頭針取穴，則以運動區下1/5(說話)、言語3區(信號)和言語2區(記憶)為主。可見，根據大腦皮質功能定位區域制定的頭針刺激區，應屬於辨病取穴的範疇。
除了急性腦血管病以外，對各種癲癇患者根據腦電圖顯示確定其病變部位，來選用相應部位的頭針刺激區，也屬上述的範疇。如額葉癲癇取額區各線(區、帶)，頂葉癲癇取頭頂區各線(區、帶)，顳葉癲癇取顳區各線(區、帶)，枕葉癲癇取枕區各線(區、帶)等。也有人根據CT定位確定急性缺血性中風的大腦皮質受損部位，取用相應的頭針刺激區來進行頭針治療的。
根據神經生理學觀點以及腦功能與血流的關係，取用相應的頭針刺激區，也屬於辨病取穴的範疇。如小兒腦性癱瘓，病變不僅影響中央前回和中央後回，也影響額上回前部和後部以及顳上回後部，儘管後者并未發生定位症狀，也應在處方中加以考慮。因此，在治療小兒腦性癱瘓時，不僅要取運動區、感覺區，而且要取額5針、顳3針、運動前區和附加運動區等。
二、辨證取穴辨證取穴，也就是根據病人出現症狀等的證候辨析，運用中醫辨證論治的處方原則，來指導頭針處方取穴。在辨證取穴中，可根據經絡學說和臟象學說指導原則的不同，分為循經取穴和臟腑功能取穴二種。
(一)循經取穴
頭針刺激區(線、帶)有不少和頭部經絡循行路線相重疊。如在該經絡沿線出現病症，則可取用與該經絡在頭部的循行路線相重疊的頭針刺激區(線、帶)。例如，急性腰扭傷和慢性腰背痛，屬督脈和足太陽經病，在頭針處方中，取用枕上正中線和枕上旁線，就是循經取穴的例子。除了頭針刺激區以外，頭部穴位的配合取用，更適宜于循經取穴的原則。如足跟痛為足少陽經筋病，配用足少陽經風池穴進行針刺治療，就屬於循經取穴。
(二)臟腑功能取穴
中醫臟象學說，是研究人體臟腑生理功能和病理變化及其臟腑之間相互關係的理論。根據臟腑功能的生理病理變化，來指導頭針取穴，是頭針處方的重要原則。
例如，心主血脈，心主神志，心開竅于舌。根據臟腑功能取穴，血脈病、神志病、舌病都可取用與「心」相關的頭針刺激區(線、帶)，焦順發體系為「胸腔區」，方云鵬體系為「上焦」(伏臟)，湯頌延體系為「心區」，朱明清體系為「額頂帶前方2/4區域」，頭針穴名標準化方案為「額旁1線(右側)」等。又如肺主呼吸，開竅于鼻，外合皮毛。因此，與呼吸、鼻、皮毛有關的病，如咳嗽、氣喘、胸悶、感冒、鼻炎、皮膚瘙痒症，都可取用額旁1線(雙側)等。
根據臟腑之間的關係，進行頭針處方取穴，也是臟腑功能取穴的重要內容。例如，在臟象學說中，腎水可以涵養肝木。若腎陰不足則肝陽上亢，所謂「陰虛陽亢」，在臨床上產生頭暈、目眩、腰酸、耳鳴等。這些症狀和「陰虛陽亢」的病證，常在高血壓病中出現。因此，對高血壓腎陰虛而肝陽上亢者，則可取用額旁3線以補腎(用針刺補法)、額旁2線(左)以瀉肝(用針刺瀉法)。
三、對症取穴對症取穴，可以根據臨床經驗，選用一些對某症狀效果突出的頭針刺激區(線、帶)來進行針刺治療。例如，朱氏體系的「頂結後帶」(頂結後線)，是在臨床上治療肩關節周圍炎等所致肩痛的有效頭針刺激區；朱氏體系的「頂結前帶」(頂結前線)，是在臨床上治療坐骨神經痛和其他腰腿痛的有效針刺激區。用以治療肩痛和腰腿痛，就屬於對症取穴(或稱經驗取穴)範疇。
根據中醫整體觀(具有生物全息律思想)來制定的頭針刺激區，常是對症取穴的主要對象。湯氏體系中，各個刺激區的命名，大多以人體相應部位來稱呼。因此，在對症取穴時可以直接應用。如咽痛取咽喉區，肩前痛取肩陰線，肩後痛取肩陽線，心悸取心區，排尿困難取泌殖區，語言障礙和智力遲緩取語智區，如此等等，都屬於對症取穴。