一、按臟腑辨證配穴

其配穴原則是依據中醫傳統的臟象學說來取穴配方的。如肺穴，因肺主皮毛，用治皮膚病及外科手術切皮時的麻醉用穴；肺開竅于鼻，故可治鼻部疾病等。又如腎主骨，其華在發，所以可取腎穴治脫骨疽(血栓閉塞性脈管炎)、斑禿等。心主神明，主血脈，故可治神經衰弱、失眠及冠心病、高血壓等。

二、按相應部位配穴

此法較簡單易于掌握，臨床應用頗為廣泛。即據病變所在，在耳廓與之相對應的部位於進行治療。如肩周炎取肩穴、網球肘取肘穴，胃炎取胃穴，偏頭痛取太陽穴等。

三、按現代醫學理論配穴

此亦臨床常用之法。耳穴中有不少按現代醫學的名稱命名的，如皮質下、交感、腎上腺、內分泌、耳迷根等。這些穴位的穴位功能和現代醫學所述的基本一致，如交感，有近似交感神經和副交感神經的作用；腎上腺穴，則具有近似腎上腺的功能。因此，可從現代醫學的理論來選用此類穴位。

四、按經絡學說配穴

經絡學說雖主要指導體穴的運用，但在耳穴配穴治療時亦可借鑒。它包括三方面：(一)辨經配穴：即依據經絡循行的部位辨出何經受病，即配與該經經名相應的耳穴。如偏頭痛，其循行部位屬膽經，故取耳廓之「胰膽穴」。(二)異經配穴：又名表裡經配穴，某經受病，可取與該經相表裡的經名相應的耳穴。如咳喘，除取與肺經相應的肺穴，亦可取與肺經相表裡的大腸經相應的耳穴：大腸穴等。(三)按經絡病侯配穴：系依據經絡之「是動病」和「所生病」來配穴。如上齒痛屬足陽明胃經，是動病則齒痛，可配胃穴治療；下齒痛，屬手陽明大腸經，是動病則齒痛，可配大腸穴治療等。

系指在臨床實踐中發現的，對某一或某些病症有獨特作用，但又不同于上述四種配穴法的耳穴。如耳尖穴治高血壓、流行性腮腺炎等，肩穴治療膽石病，枕穴治療老視眼等。

六、按耳診所配穴

在耳穴疹斷過程中，通過望診或觸診檢測得的陽性反應物，可作為配穴的依據。其中，呈強陽性反應者，宜考慮為主穴，一般陽性反應的，酌取作配穴。

在實際臨床治療中，上述配穴法難以截然分開，而應根據具體病癥結合運用。如高血壓，可據西醫理論取交感、按臟腑學說加心，經絡學說配肝，根據臨床經驗選降壓溝或耳尖等，據耳診則多發現腎上腺、枕、額等穴有陽性反應，這樣就能組穴處方。