1.按時開穴法：

首先必須將患者來診的日時干支推算出來，然後結合十二經脈流注和五輸穴的相生順序開穴。如甲日膽經主氣，在甲戌時開膽經井穴竅陰，甲戌的下一個時辰是乙亥，為陰時，陽日逢陰時則閉，無穴可開；再下一個時辰是丙子，屬陽，陽日遇陽時則有穴可開，按經穴相生的順序，膽屬木，木能生火，小腸屬火，故應用開小腸經穴，竅陰屬金，金能生水，小腸經的水穴是前谷，故丙子時當開前谷;丙子時後是丁丑時，屬陰，無穴可開;再下一個時辰是戊寅時，屬陽，本著經生經、穴生穴的規律，應開胃經的俞穴陷谷，根據返本還原的規律，同時要開膽經的原穴丘墟；再下一個時辰是已卯屬陰，無穴可開；再下一個時辰是庚辰，屬陽，按經穴相生，應開大腸經陽溪穴；下一個時辰是辛巳，屬陰，無穴可開；再下一個時辰是壬午，屬陽，按經穴相生，當開膀胱經委中，再下一個時辰是癸未，屬陰，無穴可開；最後一個陽時是甲申，甲日兩見甲叫日千重見，因為天干10個，經脈12條，十天干不夠配十二經，所以必須反覆重見，即甲日重見甲，乙日重見乙…。五輸穴依次開完後，重見如何開穴？甲申如何開穴？這就要根據陽經氣納三焦，陰經血歸包絡和陽經納穴他生我，陰經納穴我生他的規律來開穴。凡是陽干重見必是納入三焦而開三焦經穴；陰乾重見必定納入心包絡而開心包經穴。根據陽經納穴他生我的原則，甲申時應開三焦經的水穴液門。

為了便於臨床運用，前賢擬定了子午流注逐日按時定穴歌，將納甲法按時開穴全部列出，現錄于下。

戊寅陷谷陽明俞返本丘墟木在寅。

庚辰經注陽溪穴，壬午膀恍委中尋，

甲申時納三焦水，滎合天干取液門。

2.憶日酉時肝大敦，丁亥時滎少府心，

己丑太白太衝穴，辛卯經渠是肺經，

癸巳腎宮陰谷合，乙未勞宮火穴滎。

3.丙日申時少澤當，戊戌內庭治脹康，

庚子時在三間俞，本原腕骨可法黃，

壬寅經火崑崙上，甲辰陽陵泉合長，

丙午時受三焦木，中渚之中仔細詳。

4.丁日未時心少衝，已酉大都脾土逢，

辛亥太淵神門穴，癸丑復溜腎水通，

乙卯肝經曲泉合，丁巳包絡大陵中

5.戊日午時厲兌先，庚申滎穴二間遷，

壬戌膀恍尋柬骨，衝陽土穴必還原，

甲子膽經陽輔是，丙寅小海穴安然，

戊辰氣納三焦脈，經穴支溝刺必痊。

6.己日已時隱白始，辛未時中魚際取，

癸酉太溪太白原，乙亥中封內踝比，

丁丑時合少海心，己卯間使包絡止，

7.庚日辰時商陽居，壬午膀恍通谷之，

甲申臨泣為俞木，合谷金原返本歸，

丙戌小腸陽谷火，戊子時居三里宜，

庚寅氣納三焦合，天井之中不用疑。

8.辛日卯時少商本，癸巳然谷何須忖，

乙未太衝原太淵，丁酉心經靈道引，

己亥脾合陰陵泉，辛丑曲澤包絡准。

9.壬日寅時起至陰，甲辰膽脈俠溪滎，

丙午小腸後溪俞，返求京骨本原尋，

三焦寄有陽池穴，返本還原似的親，

戊申時註解溪胃，大腸庚戌曲池真，

壬子氣納三焦寄，井穴關衝一片金，

關衝屬金壬屬水，子母相生恩義深。

10.癸日亥時井湧泉，乙醜行間穴必然，

包絡大陵原并過，己巳商丘內踝邊，

辛未肺經合尺澤，癸酉中衝包絡連，

子午截時安定穴，留傳後學莫忘言。

按照上面舉例和子午流注逐日按時定穴歌可以看出，陽日陽時開陽經穴，陰日陰時開陰經穴，1日12 個時辰有6個時辰無穴可開，10日120個時辰就有60個時辰無穴可開，這給子午流注納甲法的臨床應用帶來許多困難。到了明代，李挺根據十干化運，合日互用，又開了36個時辰的穴位(如甲日乙亥時無穴可開，根據合日互用可開己日乙亥時中封)，但仍有24個時辰的是閉時閉穴。後世醫家通過反覆臨床實踐和推算，提出了一、四、二、五、三、0的反克取穴法。這個根據六甲周朔，陽進陰退開井穴和陽日陽時開陽經，陰日陰時開陰經以及地支順時推進等基礎，進行推算，解決了癸日十時不開的不足，根據反克推算，就能將10日共120個時辰納甲法所要開的穴位全部開出，這為子午流注納甲法的臨床運用大大推進了一步。現將一、四‧二‧五‧三、0反克取穴法列附表于下，以便運用。

2.定時開穴法

此法是根據患者的具體病情，結合五輸穴的主治作用，再按照腧穴所主開的時間，採取定時開穴治療。如肺經井穴少商，主治咽喉腫痛、中風不語等病症，其流注時間為辛日辛卯時，因此可約定病人在此時開穴治療；胃經合穴足三里，主治胃痛、嘔吐、腹脹、泄瀉等證，其流注時間為辛日戊子時，可在此時開穴治療；膽經合穴陽陵泉，主治黃疸、脇肋痛、下肢痿痹等病症，其流注時間為丁日甲辰時，可在此時開穴治療，其餘五輸穴均可依此類推，在臨床上進行定時開穴治療。