臨床針灸治病，需組成一定的針灸處方，其中可以用子午流注的開穴作為主穴，其他有關腧穴作為配穴。如咽喉腫痛、失語患者，可在辛卯時開取井穴少商為主，再選開天突、廉泉為配穴；耳鳴、耳聾患者，可在丙午時開取輸穴中渚為主，再選開翳風、聽宮為配穴等。在針刺操作順序上，一般先針主穴，後針配穴，主配結合，可提高臨床治療效果。