明清時期，是我國針灸學從成熟而又逐步走向衰落的時期，雖然，這一時期偏重針法的應用，但灸療也有一定的進展。明代著名醫家張景岳，在所著《類經圖翼‧卷十一》中，專門輯錄明以前几百個灸法驗方，涉及內、外、婦、兒各科几十種病症。另在《景岳全書》9～36卷所論述各科70余類病症中，有二十類提到針灸療法，其中涉及灸方的達十五類，并詳細論述了灸法的治療作用。因此，可以說是對明以前灸療臨床經驗的一次總結，明代偉大針灸學家楊繼洲，也重視灸法的研究和實踐，強調針灸并重。《針灸大成》第九卷，論述灸法凡四十一節，內容涉及廣泛，有灸法、取膏肓穴法、相天時、發灸法及艾灸補瀉等，以及灸治各種急慢疾病二十餘種。在施灸方法的革新上，值得一提的是艾卷灸法的創用。此法最早記載于明初朱權之《壽域神方‧卷三》，其云：「用紙實卷艾，以紙隔之點穴，于隔紙上用力實按之，等腹內覺熱，汗出即差」。其後，逐漸發展，又在艾絨里摻進藥末，命名為「雷火針」或「太乙神針」。所謂針，其實是灸，因它操作之法類似針法──隔几層紙或布，實按在穴位上之故。艾卷灸操作方便，痛苦又較小，且可隨意調節熱力，故很快得以推廣。後來還有《太乙神針心法》(韓貽丰)、《太乙神針》(范毓﹛81﹜傳、周壅和編)等專書出現和流傳。除此之外，明代還有燈火灸的記載，系指用燈草蘸油點燃直接燒灼穴區肌膚的一種灸法；也有利用銅鏡集聚日光作為施炙熱源的「陽燧灸」等。
清代，是對我國灸療法的總結時期。其中較有代表性的清‧咸豐時醫家吳亦鼎所撰的《神灸經綸》一書，他在該書引言中指出：「灸法亦與地并重，而其要在審穴，審得其穴，立可起死回生」，說明灸法之重要。《神灸經綸》全面總結了清以前有關灸法的理論和實踐，并參合了不少作者本人的臨床經驗。是一本集大成式的灸法專著。另如清‧廖鴻潤的《針灸集成》也收載了大量灸療的歷代文獻，予以分類編排，如制艾法一節，就選錄了《醫學入門》、《醫方類聚》、《局方》等多種前人著作的論述。對「發灸瘡法」、「療灸瘡法」、「調養法」等都作詳細的介紹。
在施灸的方法上，趙學敏所撰的《串雅外編》一書中，介紹了不少民間灸法，如雞子灸，其法為「雞子煮熟，對劈去黃，用半個合毒上，以艾灸」(《串雅外編‧卷二》)，另如碗灸、麻葉灸、桑木灸等，應視為是對豐富多彩的灸法的一種補充。清代末年，由於清政府在太醫院等官方機構中廢止針灸，導致了整個針灸學的衰落。灸法則因其法簡單方便價廉而又有較好效果，在民間仍流傳不息。