金元時期，由於針法研究的崛起，灸療的發展受到一定影響。但以金元四大家為首的不少醫家，在灸療法的鞏固和完善方面，仍作出了應有的貢獻。劉河間不囿于仲景熱證忌灸之說，明確指出「骨熱…灸百會、大椎」等，并總結了引熱外出，引熱下行及瀉督脈等諸種灸法，羅天益則主張用灸法溫補中焦，多取氣海、中脘、足三里三穴施灸，認為可「生發元氣」、「滋榮百脈」等。朱丹溪也有不少灸治驗案的記載，如「一婦人久積怒，病癇，目上視，揚手擲足，筋牽，喉聲流涎，定時昏昧，腹脹痛沖心，頭至胸大汗，癇與痛間作，…乘痛時灸大敦、行間、中脘，…又灸太衝、然谷、巨闕及大指甲內間，又灸鬼哭穴，余證調理而妥」(《丹溪心法》)。另如元代名醫危亦林，在其所著《世醫得效方》載述刺灸法治療的56個病症中，灸法約佔十分之八，且多涉及各科急性熱病，時令病及驚、厥、損傷等症。并提出「陰毒疾勢困重，…則灼艾法惟良。」(《世醫得效方‧集論說》)導陰毒宜灸的觀點。在施灸方法方面，則不採用晉唐時期動輒百壯的做法，常因病症、因部位而用竹筋大、麥粒大、綠豆大、雀糞大，或靈活地「大小以意斟量」，以定艾炷之大小。且多數用七壯、二七壯、三五壯等。還重視對於灸後的護理，「以溫湯浸手帕拭之」，「以柳枝煎湯洗後灸之」，防止感染，確為經驗之談。