灸療適應範圍廣泛，但和其它的穴位刺激療法一樣也有其禁忌。大致包括以下几方面。

一、禁灸部位

古代文獻中有不少關於禁灸穴位的記載，但各種書籍之間互有出入，頗不一致。如《針灸甲乙經》僅載24個穴位，《針灸集成》則達49個之多。從臨床實踐看，其中多數穴位沒有禁灸的必要。而部分在頭面部或重要臟器、大血管附近的穴位，則應盡量避免施灸或選擇適宜的灸法，特別不宜用艾炷直接灸。另外，孕婦少腹部亦禁灸。

二、禁忌病症

凡高熱、大量吐血、中風閉證及肝陽頭痛等症，一般不適宜用灸法，但并非絕對。

三、其他禁忌

對於過飽、過勞、過飢、醉酒、大渴、大驚、大恐、大怒者，慎用灸法。另外，近年來還發現少數病人對艾葉發生過敏，此類患者可採用非艾灸法或其他穴位刺激法。