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我國古代哲學理論，係古人對自然界萬事萬物性質及其發展變化規律觀察、歸納的總結。醫學中的陰陽學說則是古代辨證的思想方法與醫學經驗相結合的產物。即以陰陽的對立與統一，消長與轉化的觀點，說明人與自然界的關係，並概括醫學領域裡的一系列問題。

1. 解剖方面：歸納人體臟腑組織的屬性如《靈樞‧壽夭剛柔篇》：「是故內有陰陽，外亦有陰陽；在內者，五臟為陰，六腑為陽；在外者，筋骨為陰，皮膚為陽。」
2. 生理方面：分析人體的生理機能。如《素問‧生氣通天論》：「陰者，藏精而起極也；陽者，衛外而為固也。」說明陰代表著物質的儲藏，是陽氣能量的來源；陽代表機能活動，起著衛外而固守陰精的作用。
3. 病理方面：闡明病理變化的基本規律。如《素問‧陰陽應象大論》：「陰勝則陽病，陽勝則陰病；陽勝則熱，陰勝則寒。」又如《素問‧調經論》：「陽虛則外寒，陰虛則內熱；陽盛則外熱，陰盛則內寒。」等等。
4. 診斷方面：對病症屬性歸類的總綱，把陽證與陰證作為總的鑑別要領。如《素問‧陰陽應象大論》：「善診者，察色按脈，先別陰陽。」
5. 治療方面：確定瀉其有餘，補其不足，調整陰陽相對平衡的原則。如《素問‧至真要大論》：「寒者熱之，熱者寒之」又如《素問‧陰陽應象大論》：「陽病治陰，陰病治陽。」等等。

此外，藥物的性能、針灸的手法等，也有相應的陰陽屬性。臨床上，就須注意證之陰陽與治之陰陽的關係。綜上說明，陰陽既是基礎理論的重要組成部分，又是總結臨床經驗的工具。但是，這個學說也只能根據一些直覺的體驗對事物內部的相互關係作粗略的說明。