十二經脈在四肢部各有一原穴。《難經‧六十六難》闡述原穴的意義說：「臍下腎間動氣者，人之生命也，十二經之根本也，故名曰原（氣）。三焦者，原氣之別使也，主通行三氣（上焦、中焦、下焦），經歷于五臟六腑；原者、三焦之尊號也，故所止輒為原（穴），五臟六腑之有病者皆取其原（穴）也。」這是指原穴關係到原氣，原氣來自「臍下腎間」，通過三焦散佈于四肢，當其駐留的部位就稱原穴。《靈樞‧九針十二原》：「五臟有疾也，應出十二原。十一原各有所出，明知其原，睹其應，而知五臟之在矣。」近代對經絡的研究，也常以原穴作為本經的代表穴。

《靈樞‧九針十原》所說的十二原，是指兩側陰經（五臟）的原穴再加上腹部「膏之原」（原稱「膈之原」）鳩尾和「肓之原」氣海（脖映）。至《難經》以後，才列舉十二經的全部原穴。其中陰經的原穴與五腧穴中的「輸」穴相同，陽經則另有專穴。