自金元至明清，針灸界對針灸意外的認識更趨深入。如在早期的文獻中，只提及胸肩部的某些穴位可刺傷及肺，《普濟方‧針灸門》中則明確指出「胸前諸穴不可傷，傷即令人悶到。」對易于造成眼部血腫的眼區穴位同樣如此，「瞼池上下四穴，針只可深一半許，過深則令人血灌黑睛，視物不見，不可治也。」(《普濟方‧針灸門》)。這一時期醫家特別重視對一些常見的針灸意外的救治處理。如暈針是針灸臨床中發生率最高的一種意外，無論對導致的原因和處理措施都作了較全面的探討。關於暈針的原因，閻明廣認為「或匆忙之際，畏刺之人，多感此傷，壯著氣行自已，怯者當速救療。」(《流注指微針賦注》)。而具體處理上，《金針賦》云：「其或暈針者，神氣虛也，以針補之，口鼻氣回，熱湯與之，略停少順，依前再施」。清‧吳亦鼎還提到暈灸的治法：「或著火有眩暈者，神氣虛也，乃以冷物壓灸處，其暈自清，再停良久，以稀粥或薑湯與之，以壯其神」。(《神灸經論‧卷一》)。另如，對於針灸引致的感染事故《世醫得效方》特地介紹了一種治療方劑：「治針灸傷經絡，膿血不止；黃芪八兩，當歸三兩，肉桂、木香、乳香(別研)、沉香各一兩，為末，用綠豆粉四兩，堇汁糊丸，梧桐子大，每服五十丸，不拘時候熱水下」。
需要提及的是，古代由於鐵針的廣泛使用，折針事故，每有發生。元明醫家已開始尋求摘取斷針的方法。早期以藥物外敷為主，如用「萬聖神應丹」及「神應膏」等，「取鐵針誤入皮膚」(《衛生寶鑒‧卷十三》)。至明代，方法更多，《針灸大成‧卷四》曾以專節論述，如「治折針法，一用磁石(即吸鐵石)引其肉中針即出。一用象牙屑，碾細，水和塗上即出」等。上述方法，目前雖已廢用，但古代醫家這種探索精神則是可貴的，其中的一些方藥，也有值得進一步研究的必要。
從上述總的情況看，古代醫家在大量的臨床實踐中，對針灸意外已經有了比較深入和全面的認識，并把重點放在預防上，這無疑是準確的。正因為如此，避免了大量可能造成嚴重後果的針灸意外，從這個意義上說，它對針灸學術的不斷發展和廣泛流傳起了某種保證作用。當然，限于歷史條件和醫學水平，對針灸意外的預防，還僅停留在消極的禁忌方式上，對於事故處理，有效的經驗積累也不夠多。