自金元至明清，针灸界对针灸意外的认识更趋深入。如在早期的文献中，只提及胸肩部的某些穴位可刺伤及肺，普济方‧针灸门中则明确指出“胸前诸穴不可伤，伤即令人闷到。”对易于造成眼部血肿的眼区穴位同样如此，“睑池上下四穴，针只可深一半许，过深则令人血灌黑睛，视物不见，不可治也。”(普济方‧针灸门)。这一时期医家特别重视对一些常见的针灸意外的救治处理。如晕针是针灸临床中发生率最高的一种意外，无论对导致的原因和处理措施都作了较全面的探讨。关于晕针的原因，阎明广认为“或匆忙之际，畏刺之人，多感此伤，壮着气行自已，怯者当速救疗。”(流注指微针赋注)。而具体处理上，金针赋云：“其或晕针者，神气虚也，以针补之，口鼻气回，热汤与之，略停少顺，依前再施”。清‧吴亦鼎还提到晕灸的治法：“或着火有眩晕者，神气虚也，乃以冷物压灸处，其晕自清，再停良久，以稀粥或姜汤与之，以壮其神”。(神灸经论‧卷一)。另如，对于针灸引致的感染事故世医得效方特地介绍了一种治疗方剂：“治针灸伤经络，脓血不止；黄芪八两，当归三两，肉桂、木香、乳香(别研)、沉香各一两，为末，用绿豆粉四两，堇汁糊丸，梧桐子大，每服五十丸，不拘时候热水下”。
需要提及的是，古代由于铁针的广泛使用，折针事故，每有发生。元明医家已开始寻求摘取断针的方法。早期以药物外敷为主，如用“万圣神应丹”及“神应膏”等，“取铁针误入皮肤”(卫生宝鉴‧卷十三)。至明代，方法更多，针灸大成‧卷四曾以专节论述，如“治折针法，一用磁石(即吸铁石)引其肉中针即出。一用象牙屑，碾细，水和涂上即出”等。上述方法，目前虽已废用，但古代医家这种探索精神则是可贵的，其中的一些方药，也有值得进一步研究的必要。
从上述总的情况看，古代医家在大量的临床实践中，对针灸意外已经有了比较深入和全面的认识，并把重点放在预防上，这无疑是准确的。正因为如此，避免了大量可能造成严重后果的针灸意外，从这个意义上说，它对针灸学术的不断发展和广泛流传起了某种保证作用。当然，限于历史条件和医学水平，对针灸意外的预防，还仅停留在消极的禁忌方式上，对于事故处理，有效的经验积累也不够多。