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中醫認為，腎臟與骨骼、骨髓、腦皆有密切的聯繫，例如《內經‧痿論》「腎主身之骨髓」、《內經‧宣明五氣》「腎主骨」、《內經‧五藏生成》「諸髓者皆屬於腦」，《內經‧奇病論》「髓者以腦為主」、《內經‧海論》「腦為髓之海」。

據現代醫學的發現，「腎主骨」體現在幾個面向︰

• 腎臟本體能活化維他命D，促進鈣、磷在腸道的吸收，也促進腎小管重吸收鈣，維持骨鈣和血鈣。
• 腎臟本體負責釋放紅血球生成素(EPO)刺激骨髓製造紅血球，腎臟衰竭者必貧血，這個在古典中醫的論述較少提及。
• 腎上腺分泌的皮質醇過多，會令全身的蛋白質被過度分解，骨中缺乏蛋白質也會造成骨質疏鬆。
• 生長激素、褪黑激素、腎上腺皮質素、甲狀腺、性激素等等內分泌都會影響骨質的生長、發育、與代謝。
• 特別是，甲狀腺的降鈣素能抑制蝕骨細胞、從而抑制骨質分解，促進骨骼對鈣的吸收，減少血液中的鈣及磷酸鹽；副甲狀腺素則提升蝕骨細胞的活性，使骨質分解，鈣、磷酸鹽釋入血液。

所以，廣義的腎系統包含了多種內分泌的機能，具有促進骨骼生長、發育、形成的作用。

「腎主腦髓」則體現在幾個面向︰

• 在成長過程中，甲狀腺素能直接影響腦部的生長發育，所以腎氣部分實質也涵蓋甲狀腺素的機能。
• 「腎藏精」，腎臟所藏的精華物資「腎水」或「腎精」是用於建構腦部神經網絡的基礎物資，腎水足則腦強。

牙齒也是種骨骼，故中醫有「齒為骨之餘」之說，腎強則齒壯。但若齒不壯、或是拔牙，會反過來影響到腎氣嗎？2012年，三總發表一份研究報告指出「男性拔牙1和1.5年之後，勃起障礙風險比對照組高出1～1.26倍，40歲以下男性則高達1.78倍。」所以拔牙竟會導致勃起障礙？這樣解釋其實是倒因為果，這個研究應該這樣解釋︰患者因為腎氣不足，導致牙差、容易蛀，蛀牙嚴重的就被拔除了。腎氣不足是原因，牙被拔與勃起障礙同是結果。此研究至少展示了牙齒與生殖機能確有某種聯繫，而生殖機能則被囊括在中醫廣義的腎系統之中。