作為御醫，吳謙經常隨侍于皇帝身邊。乾隆五年（1740年）早春二月，乾隆帝患了感冒，吳謙、陳止敬等御醫「敬謹調理，甚屬勤勞，……且奏效甚速」，使乾隆帝很快就痊癒了。吳謙等因而受到了嘉獎。在為宮廷服務期間，吳謙多次受到這樣的恩賞。高宗弘歷器重之，嘗謂近臣「吳謙品學兼優，非同凡醫，爾等當敬之」。

乾隆四年（公元1739年），乾隆帝詔令編纂醫書，命吳謙、劉裕鐸為總修官。作為總修官，吳謙為《醫宗金鑒》的成書做出了重要貢獻。吳謙認為，醫經典籍以及歷代各家醫書，存在著「詞奧難明、傳寫錯誤、或博而不精、或雜而不一」等問題，應予以「改正註釋，分別諸家是非」。

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