錢乙原籍錢塘（今浙江杭州）。曾祖時起定居鄆州（今山東東平）。姑父呂氏亦曉醫術，錢乙稍長即隨呂氏習醫。他先學《顱囪方》，專攻兒科，以此醫名大振。元豐年間（1078～1086），因治癒長公主女兒之病，被授予翰林醫官。次年，皇子儀國公患著瘛瘲，國醫治之不效，經長公主推荐，錢乙以「黃土湯」治癒。遂提升為太醫丞并賜紫衣金魚袋。此後上自達官貴人，下至平民百姓，都願請錢乙診病。錢乙診務繁心，幾無虛日，不久因病辭職。後，哲宗皇帝又詔錢乙入禁中，留之日久，而終以疾病告歸鄉里。晚年左手足攣痹不用，壽終家舍。享年82歲。

錢乙博學多識，雖以兒科最為知名，但治病各科皆通，遣方不泥古人，用藥靈活善變而自有法度，著有《傷寒指微》5卷，《嬰孩論》百篇，惜已散佚，他的臨症經驗由門人閻孝忠輯成《小兒藥證直訣》三卷傳世。成為指導中醫兒科理論和實踐的重要專著。