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今用黄连为毛莨科植物黄连Coptis chinensis Franch.、三角叶黄连Coptis deltoidea C. Y. Cheng et Hsiao和云连Coptis teeta Wall.的干燥根茎，以上品种在商品上依次称为“味连”、“雅连”和“云连”。味连又分南岸连与北岸连两类，南岸连主产于重庆石柱、南川，湖北来风、恩施、建始、利川、宣恩等地，北岸连主产于重庆城口、巫山、巫溪，湖北房县、巴东、竹溪等地，此外陕西、湖南、贵州、甘肃亦产。雅连主产于四川峨眉、洪雅、乐山、雷波等地。云连主产于云南得钦、维西、腾冲、碧江等地。

本草研究认为：古用正品黄连几乎都是毛莨科Coptis属植物，虽然川产黄连的历史可以追溯到汉代，但六朝至北宋初，因本草家主张黄连当以节若连珠者为上，故短萼黄连Coptis chinensis Franch. var. brevisepala W. T. Wang et Hsiao成为药用主流品种，并以安徽宣城为道地产区，到宋代川产的雅连、味连始逐渐恢复正品地位。至于云连，始载于《滇南本草》，野生云连一直是地方习用品，产量较小，一般认为效力不及川产。

【品种考订与道地沿革】

黄连始载于《本草经》，一名王连，《广雅》：“黄连，王连也。”《本草纲目》释其名曰：“其根连珠而色黄，故名。”据《本草经》云：“久服令人不忘”，陶云：“道方服食长生”，故刘宋王微《黄连赞》有云：“缙云昔御，飞跸上旻”，《后汉书﹒方术列传》注引《汉武帝内传》云：“封君达，陇西人，初服黄连五十馀年。”后世黄连主要用于中焦湿热，肠澼下利，少有言及其补益功效者。

古用正品黄连几乎都是毛莨科Coptis属植物，但因本草中形态描述一般比较简略，图例也嫌粗糙，只能根据产地大致推断品种，故黄连“品种考订”与“道地沿革”合并为一条。

汉晋之际巴蜀是黄连的主要产地，《范子计然》云：“黄连出蜀郡，黄肥坚者善。”晋左思《蜀都赋》云：“风连莚蔓于兰皋”，风连即黄连，莚蔓即蔓延，形容黄连生长茂盛，刘逵注：“风连出岷山，一曰出广都山”，广都在今四川双流县。《别录》也提到：“黄连生巫阳川谷及蜀郡、太山。”太山产者品种未知，巫阳是今重庆巫山，所出黄连当是Coptis chinensis，而蜀郡所出，应以Coptis deltoidea为主。

但从陶弘景开始直至唐末宋初，更提倡南方所出黄连，《集注》云：“今西间者色浅而虚，不及东阳、新安诸县最胜。”《新修》虽作调和之论云：“蜀道者粗大节平，味极浓苦，疗渴为最。江东者节如连珠，疗痢大善，今澧州者更胜。”但据《千金翼方﹒药出州土》，出黄连者江南东道之婺州、睦州、歙州、建州，江南西道之宣州、饶州，剑南道之柘州，除柘州在今四川理县外，其余皆在南方。又据《新唐书﹒地理志》土贡黄连的州郡有六，几乎都在南方，计有处州缙云郡（今浙江丽水）、婺州东阳郡（今浙江金华）、宣州宣城郡（今安徽宣城）、歙州新安郡（今安徽徽州）、辰州卢溪郡（今湖南沅陵）、施州清化郡（今湖北恩施）。其他唐五代其他本草文献也主张南方产者为优，《四声本草》云：“黄连今出宣州绝佳，东阳亦有，歙州、处州者次。”就连《蜀本草》也说：“苗似茶，花黄丛生，一茎生三叶，高尺许，冬不凋。江左者节高若连珠，蜀都者节下不连珠。今秦地及杭州、柳州者佳。”

以上地名中，除施州清化郡所出可能为Coptis chinensis，剑南道柘州所出可能为Coptis deltoidea，或峨眉野连Coptis omeiensis (Chen) C. Y. Cheng外，南方出者则非此数种。我们注意到，陶弘景特别强调黄连药材“用之当布裹，挼去毛，令如连珠”，《新修》、《蜀本草》皆说南方所出“节若连珠”，而以蜀川产者无连珠为遗憾，换言之，当时乃以黄连根茎是否呈连珠状，作为质量判断的标准，或许陶、苏等人觉得根黄色、连珠状更能符合“黄连”命名的本意吧。这种节若连珠的黄连实为今华东地区所称的“土黄连”，原植物为短萼黄连Coptis chinensis Franch. var. brevisepala W. T. Wang et Hsiao。

这种以连珠存在与否判断黄连优劣的标准，在宋代依然存在，但逐渐淡化，四川黄连地位有所提高。《开宝本草》尚以宣州所出“九节坚重相击有声者为胜”，《图经》也说“今江、湖、荆、夔州郡亦有，而以宣城者为胜，施、黔者次之。”但据《太平寰宇记》四川土贡黄连的州县明显增多，计有雅州、柘州、荣州、利州、渠州、忠州6地，而且涵盖了今雅连、味连的正宗产地，至于南方黄连仅见于宣州，显然，此时川产黄连的地位开始得到恢复。

《品汇精要》于黄连无所发明，《本草蒙筌》则兼收宣连与川连，有云：“宣连出宣城，肥粗苗少，川连生川省，瘦小苗多。并取类鹰爪连珠，不必分地土优劣。”有趣的是，《蒙筌》将《证类》“澧州黄连”药图改标题为“雅州黄连”，这代表对雅连正品地位的认可。《纲目》乃正式以蜀川所出为道地，李时珍云：“黄连，汉末李当之本草惟取蜀郡黄肥而坚者为善，唐时以澧州者为胜，今虽吴蜀皆有，惟以雅州、眉州者为良，药物之兴废不同如此。大抵有二种，一种根粗无毛有珠，如鹰鸡爪形而坚实，色深黄，一种无珠多毛而中虚，黄色稍淡，各有所宜。”按李所说，前者当为味连，而后者则为雅连。

云连见于《滇南本草》：“滇连，一名云连，人多不识，生禹山，形似车前，小细子，黄色根，连成条状。”按禹山在今云南省昆明市境内，其品种当为毛茛科植物云连Coptis teeta Wall.。从历史来看云连应是地方习用品，产量较小，内地本草偶然使用，如《本草从新》卷1提到云南连次于雅州黄连。至于《云南通志》卷27提到：“黄连，丽江、开化者佳”，据《滇南本草》整理者研究认为，丽江、开化所出不是云连，而是毛茛科植物多叶唐松草Thalictrum foliolosum DC.。

此后的本草方书皆以川产雅连、味连为道地，间有提到云连者，如《药物出产辨》云：“川黄连产雅州及峨眉山等处。产云南者为云连。”《增订伪药条辨》也说：“黄连种类甚多，随地皆产，且有野生种植之别，惟四川野生者多佳品，为治疗上之要药。”至于各地俗称之“土黄连”，则来源复杂，如《滇南本草》之土黄连为小檗科小檗属植物昆明小檗Berberis ferdinandi-coburgii Schneid.或粉叶小檗Berberis pruinosa Franch.，《植物名实图考》及《本草纲目拾遗》中的土黄连似为短萼黄连，谢宗万先生曾有专题研究，此不赘叙。