中医病因病机学具有以下几个主要特点:
(一)受中国古代哲学思想的影响比较深刻。在中医理论体系的形成过程中，中国古代哲学和医学不断相互渗透和相互影响，这一情况，在中医病因病机学中也有着明显的反映。《内经》中有关疾病的认识论、方法论原则，阴阳五行学说、精气神学说、气一元论思想，以及天人相应的整体观念等，大多渊源于先秦汉初的哲学思想，其中尤以朴素的唯物辩证法和整体观的影响最为深刻。因此，我们不仅要用现代哲学思想去分析中医的病因、岁病与病机，而且要从中国古代哲学与中医理论相互渗透中去理解中医病因病机学的形成与发展。
(二)多学科的渗透。由于中国古代自然科学相当发达，各学科之间的相互渗透现象比较普遍。例如， "人与天地相应" 的观点，是中医病因病机学的一大特色，其所述季节、岁气与发病的关系，昼夜变动与疾病演变的关系，以及地理环境对人体疾病的影响等，郴是古代天文学气象学相地理学的渗透。又如，中医病因病机学中的情志致病、病理体质之说等，则是古代心理学、体质人类学的渗透。正是由于古代多学科的渗透，促进了中医病因病机学的形成与发展，并使其内容日臻完备。
(三)宏观的整体性原则比较突出。强调人是整个自然界的一部分，自然界与人是统一的整体，人体疾病的发生、传变与转归，无不受自然变化规律的影响和制约。《内经》所谓春多风病，夏多暑病，长夏多湿病，秋多燥病，冬多寒病;《伤寒论》所谓六经病， "欲解时" 等，都体现出人与自然的整体观。不仅如此，人与整个人类社会也是一个整体，社会因素对人类疾病的发生和发展具有重要的作用。《内经》所述先富后贫、先贵后贱之人的发病机理具有特殊性便是一例。人对现实世界与周围环境的反应形式-情志活动的过与不及都可能导致疾病。《内经》指出的不同的情志可损伤不同的脏腑，而产生不同的病变，充分体现了人与社会的整体观。此外，人的自身又是一个有机的整休，人体各个属部的病变实际上是整体病变的局部表现。《内经》中有关 "脏腑相关" , "形神合一" 与 "人身一小天地" 等论述，就是人体自身的整体观。
总之，中医病因病机学在宏观的整体论原则指导下，对各种病理概念的认识和概括，都是在临床观察的基础上，主要着眼于对疾病状况下人体机能变化的概括，而并不单纯强调局部形态的改变和损伤，是其显著的特点。