中醫病因病機學理論主要來自臨床實踐的總結和概括。從臨床觀察所得的感性認識是形成其理論的主要源泉。這裡有一個問題是值得深思的:古代醫家在其豐富的臨床實踐基礎上，在中國特有的哲學思想的影響下，對人體宏觀水平的生理過程與病理過程進行了周密細致的視察，提出了許多病因病機學說，認識到了單憑微觀觀察所未能發現的一些病理規律，形成了獨特的中醫病因病機學的系統理論。例如，中醫病因病機學特有的臟腑病機與經絡病機等，經過了數千年的臨床驗證，證明是客觀存在的，可以重復的，能夠指導臨床實踐的。而這些病理變化及其規律則是微觀研究尚沒有發現過和論證過的問題。但是，另一方面，也應當看到變化多端的病理過程，其本質也絕非單靠宏觀的、整體的觀察所能徹底認識的。因之，引進和採用現代科學技術中一些先進的方法相手段，以便深入揭示整體層次的病機本質，並向更深的層次挺進，從而不斷發揚提高中醫病機的認識深度和理論水平，也是必要的和有益的。