中医病因病机学理论主要来自临床实践的总结和概括。从临床观察所得的感性认识是形成其理论的主要源泉。这里有一个问题是值得深思的:古代医家在其丰富的临床实践基础上，在中国特有的哲学思想的影响下，对人体宏观水平的生理过程与病理过程进行了周密细致的视察，提出了许多病因病机学说，认识到了单凭微观观察所未能发现的一些病理规律，形成了独特的中医病因病机学的系统理论。例如，中医病因病机学特有的脏腑病机与经络病机等，经过了数千年的临床验证，证明是客观存在的，可以重复的，能够指导临床实践的。而这些病理变化及其规律则是微观研究尚没有发现过和论证过的问题。但是，另一方面，也应当看到变化多端的病理过程，其本质也绝非单靠宏观的、整体的观察所能彻底认识的。因之，引进和采用现代科学技术中一些先进的方法相手段，以便深入揭示整体层次的病机本质，并向更深的层次挺进，从而不断发扬提高中医病机的认识深度和理论水平，也是必要的和有益的。