中醫病因病機學與中醫臨床醫學的關係極為密切，具有同步的形成相發展過程。兩者研究的對象相同，都是直接在患病機體上進行觀察;採用的方法相同，都是在臨床實踐中進行研究總結。兩者的不同之點，主要是所觀察的過程不同和概括的內容不同。中醫病因病機學是研究人體從感受內外病邪到出現各種異常脈症以前的情況，以及人體疾病時內在的、本質的變化機理;而中醫臨床醫學則著重研究各種異常脈症的聯係與差異，是對人體疾病時外部表現的規律性的概括，並尋求其有效的治法方藥。但二者之間存在著密切的有機聯係:病證的形成與表現以一定的病機變化為內在基礎，病機變化的外部表現，即成為證候。中醫辨證學和臨床醫學常以病機名證候，即充分表明了這種關係，也說明所謂辨證論治，實際上就是病機辨證和病機治療。不同的疾病，只要病機相同，則治法相同;同一疾病，如病機不同，則治法亦隨之而異，這就是所謂 "同病異治，異病同治" 的道理所在。由此可見，中醫臨床醫學主要是以中醫病因病機學為理論指導，而中醫病因病機學的發展與提高，又必須通過臨床的觀察與總結，所以二者存在互相促進、不可分割的密切關係。