中医病因病机学与中医临床医学的关系极为密切，具有同步的形成相发展过程。两者研究的对象相同，都是直接在患病机体上进行观察;采用的方法相同，都是在临床实践中进行研究总结。两者的不同之点，主要是所观察的过程不同和概括的内容不同。中医病因病机学是研究人体从感受内外病邪到出现各种异常脉症以前的情况，以及人体疾病时内在的、本质的变化机理;而中医临床医学则着重研究各种异常脉症的联系与差异，是对人体疾病时外部表现的规律性的概括，并寻求其有效的治法方药。但二者之间存在着密切的有机联系:病证的形成与表现以一定的病机变化为内在基础，病机变化的外部表现，即成为证候。中医辨证学和临床医学常以病机名证候，即充分表明了这种关系，也说明所谓辨证论治，实际上就是病机辨证和病机治疗。不同的疾病，只要病机相同，则治法相同;同一疾病，如病机不同，则治法亦随之而异，这就是所谓 "同病异治，异病同治" 的道理所在。由此可见，中医临床医学主要是以中医病因病机学为理论指导，而中医病因病机学的发展与提高，又必须通过临床的观察与总结，所以二者存在互相促进、不可分割的密切关系。