唯物主义思想是中国古代先秦哲学的主流，这一思想指导人们在与疾病作斗争的医疗实践中，不是用迷信鬼神解释疾病发生发展的原因，而是寻找唯物论的依据进行解释。唯物主义思想萌芽于西周，到了春秋战国时期，已十分活跃，这一时期唯物主义思想突出的特点，是认为整个宇宙由具体的物质构成，并力图从自然界本身去寻找关于自然变化的解释。例如，《国语‧周语》记载，太史伯阳以"天地之气"与"阴阳"的观点来解释地震，他认为天地间存在着阴阳两种气，这两种物质力最"不失其序"，自然界就安定；反之，如阳潜伏在下不能出来，阴受逼迫不能上升，就会发生地震。这种从阴阳的相互关系来说明地震发生的原因，基本上是唯物主义的认识。又如《左传》鲁禧公十六年，周内史叔兴认为"六鹅退飞"与星辰陨落是阴阳二气变化的结果。这种从自然界本身的变化来解释自然现象的无神论思想，指导人们在认识疾病现象时，排除鬼神致病的迷信观念，在客观实在中寻求疾病发生变化的原因及机理。《诗经》卷四《东门之蝉》说："既见君子，云胡不瘳"，就已认识到精神情志异常，可以导致疾病，一旦心理性的致病因素消失，疾病也就可以痊愈。又如子产探望晋侯疾病时说："右君身，则亦出入饥食衷乐之事也，山川星辰之神又何为焉。"认为生病与天上的鬼神无关，是由于人事所致，与饮食喜怒哀乐有关。另如医和在诊视晋侯疾病时，就提出阴、阳、风、雨、晦、明"淫生六疾"和"近女室"、"不节不时"的发病原因(以上见《左传‧昭公元年》)。在对疾病的认识方面，他们否定神的作用，把疾病的形成与社会生活和心理情志的变化联系起来。西周春秋时代，先哲们在巫医盛行、迷信鬼神思想猖獗的情况下，致力于用科学的原理解释疾病的成因，建立起关于疾病形成和变化的唯物主义认识。《内经》继承了古代丰富的唯物主义思想，为中医病因病机学的建立奠定了思想基础。例如《灵枢‧贼风篇》说："其母所遇邪气，又毌忧惕之所志，卒然而病者，其故何也？唯有因鬼神之事乎？岐伯曰：此亦有故邪留而未发，因而志有所恶，及有所慕，血气内乱，两气相搏，其所从来者微，视之不见，听而闻，故似鬼神。"《素问‧宝命全角论》还明确地提出了"道无鬼神"的主张。同时，《内经》又明确地提出门致病的原因："夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，精之风雨寒暑：共生于阴者，得之饮食居处，阴阳喜怒"(《素问‧调经论》)。这些都是在唯物主义和无神论思想指导下，提出和形成的中医病田病机学说和理论体系。
在中国古代哲学，尤其是在先秦哲学中有着丰富的朴素辩证法思想。这种朴素辩证法对立统一的思想给予医学对疾病的认识以很大的影响，《淮南子，说出》说："天二气则成虹，地二气则泄藏，人二气则成病。"认为天地的变化都是二气相反相济的结果，而人的疾病的产生，也是由于二气相互作用的结果。中医学在对疾病的病理变化的认识过程中，继承了朴素的辩证法思想，紧紧把握对立面的统一和斗争两个方面来进行认识。
在中医发病学说方面，《素问‧刺法论》提出："正气存内，邪不可干。"《灵枢‧百病始生》又说："风雨寒热，不得虚，邪不能独伤人，卒然逢疾风暴雨而不病者，盖无虚，故邪不能独伤人，此心因虚邪之风，与其身形，两虚相得，乃客其形。"说明疾病的发生，取决于正邪对立双方的斗争，发病与否，取决于邪正双方的力量对比，所以"正"、"邪"两个方面对发病过程而言，又是相反相成的。上述思想使中医发病学得以建立在"正"、"邪"二点论的基础上，既考虑邪气在发病学方面的重要意义，又考虑正气的重要意义。
中国古代朴素辩证法思想认为宇宙间万物无不处在运动变化之中，而没有永恒不变的东西。
中医学吸取了这种哲学思想，认为运动是事物变化和成败的根本原因。《素问‧六微旨大论》说："成败倚伏生乎动，动而不已，则变作矣。"反映在对疾病病理变化的认识方面，中医学十分重视在生命活动的异常变化中寻求疾病发生的机理。如升降出入是人体气机运动的主要形式，气机的升降失常会引起相应的病理变化，《素问‧阴阳应象大论》说："清气在下，则生糠泄：浊气在上，则生腹胀。"清气当升不升，就会发生枪泄；浊气当降不降，就会发生腹胀。中医学还认为，疾病形成以后也会不断地发展变化，例如由表入里，从里出表，由经络入脏腑，从气分传入血分，或从三阳传入三阴，或由三阴转出三阳等等。……疾病的变化，不但表现在疾病证候的传变中，还表现在疾病性质的变化上，某一种性质的疾病发展到一定程度可以向性质相反的疾病转化。如《素问‧阴阳应象大论》说："重阴必阳，重阳必阴。""寒极生热，热极生寒。"在疾病的发展过程中，阳证发展到极限，可以转化为阴证，阴证在一定条件下可转化为阳证；寒证可转化为热证，热证又可转化为寒证，虚证转化为实证，实证转化为虚证等等。
综上所述，可以看出，中医病因病机学之能够唯物地从疾病自身寻求客观的致病因素和病理机制，并用仆素的辩证法思想阐述发病及疾病传变的一般规律，就是在中国古代朴素唯物主义哲学思想的影响和渗透下，对于长期与疾病作斗争的实际观察，不断加以科学的总结和概括而形成的，从而能够客观地和深刻地揭示疾病发生发展的机理，并且从一开始就建立在科学的基础上。