中医学继承了春秋时代进步的五行说，将宇宙自然现象的各个方面与人体生理、病理联系起来，通过分析归纳，认为它们之间存在着密切的联系，在形态和运动形式方面具有相同的属性，可以将这一相同的属性与五行中的某一行相比譬，然后归属于该行。如《素问‧金匮真言论》说："东方青色，入通于肝，开窍于目，藏精于肝，其病友惊骇，其味酸，其类草木。"东方、青色、肝、目、惊骇、酸，虽然属于方位、颜色、脏腑、感官、病理、五味等不同的方面，但它们具有共同的属性，可通过归属于木类，概括说明它们之间的密切关系。可见中医学五行归属的真正目的，在于说明具有相同属性的不同种类事物之间存在着相互联系，相互影响和相互作用，中医五行学说就在于说明生命、疾病与人体内外环境中属于同行的种种因素之间存在着密切的联系。因此，从病因病机学的观点来看，五行可以看成是病理变化与内外环境种种因素的联系模式，这一模式体现了从内外环境的联系出发，把握病理变化的整体思想。
五行学说发展到战国未期，已从对木火土金水五种物质之间相互关系的认识，进而推演出五行间存在的相生相克联系的顺序。《素问‧宝命全角论》记载了五行间相互克制的关系说："木得金而伐，火得水而灭，上得木而达，金得火而缺，水得土而绝，万物尽然，不可胜竭。"五行间相生相克的固定联系，是整个自然界保持稳定状态必不可少的条件，张景岳《类经图翼》说："造化之机，不可无生，亦不可无制，无生则发育无由，无制则亢而为害"。必须生中有制，制中有生，才能运行不息，相反相成。五行的生克制化规律是宇宙间的普遍规律，所以人也服从这一规律，正如《灵枢‧阴阳二十五人》所说："天地之间，六合之内，不离于五，人亦应之。"人体以脏腑为核心的五行归属系统也必须保持正常的相生相制的关系，才能维持自身的相对稳定。人体作为一个整体，五行中任何一个联系的失常，都会引起整体稳定状态的破坏而导致疾病。例如，五行结构中任何一行的"太过"与"不及"均可以导致疾病，"太过，则薄所不胜而来其所胜也……不及，则所胜妄行，而所生受病，所不胜薄之也。"(《素问‧六节藏象论》)一行太过，就会对另一行发生超过正常限度的克制：一行不及，则另一行就会乘虚加以过度的制约，形成相侮相乘等五行间生克制化规律的失常，产生疾病。
五行之间的相互关系主要是相生、相克两个乃面，相生相克协调统一，相反相成，使五行成为一个和调的统一体，如果五行中任何一行的改变超过了一定的限度，使五行间正常的相生相克发生质的变化，出现异常的相乘相侮现象，五行之间的和调就会被打破，五行所体现的脏腑之间、脏腑与形体精神、脏腑与外界环境的协调统一就会被破坏，从而不可避免地会发生病理变化。从五行的角度来看，五行和调同样是健康的必要条件，五行之间协调统一关系的失常就意味着疾病的发生。其详细内容将在第二章中加以论叙。