因果联系是客观世界内在本质联系的表现形式之一。在疾病的发生和发展过程中，病机与证候、病机与病机之间也存在着广泛的因果联系。中医学从这种因果联系出发，采用由果析因的认识方法，探求引起证候的原因，并由此而认识疾病的病理过程。
就人体的疾病而言，表现于外的各种证候(症状、体征和证)是结果，机体内在的病理过程是因，证候是由病理变化产生的，二者之间存在着内在的必然性联系，因此可以通过精细地分析证候，寻求产生证候的原因的方式，来认识疾病的病理变化。《灵枢‧本藏》说：视其外应，以知其内藏，则知所病矣。"就是通过观察作为结果的表现于外的证候，可以知道引起这一结果的内藏异常变化和病理过程。这就是由果析因的认识方法。这种认识方法具体表现为"审证本因"的原则。按照广义的解释，"因"，不但包括了疾病的原因，也包括了疾病的本质相病理机转。中医学在长期的临床实践过程中，早就掌握并自觉地应用了由果析因的认识方法。例如，当看到发热、恶风、汗自出、鼻鸣干呕，作为一组证候出现时，就会从中医学基本理论出发，通过分析，去探析引起这一证候的病理过程，即认为：发热恶寒是"阳浮"，是因为风性疏泄，卫阳浮越，邪正相争的结果；汗自出是朋弱"，堤由于卫气浮泄于外，不能固密，营阴不能内守所致。这样，通过由果析因，便认识了太阳中风，营卫不和，卫强营弱的病因病机。
在以果析因方式为主探讨疾病因果联系规律的基础上，中医学十分重视对疾病过程中一因多果、一果多因、多因多果等复杂状况的认识。
首先，同一原因，由于时空条件及体质、宿疾、情绪等因素的不同，可以导致不同的病理变化，形成不同的证候。例如，同属外感风寒之邪，作用于不同的个体，可能产生不同的结果。素体气虚、阳虚之人，邪多从阴寒化，呈现表里俱寒的证候；而素体阳盛之人，邪多从阳热化，呈现表寒里热或表里俱热的证候。通过一因多果关系的探索，尤其是对引起不同证候的病机共性的揭示，为"异病同治"的治疗原则奠定了认识论基础。其次，在相同的疾病可以为不同的原因所引起的探索中，不断丰富对疾病病机的认识。例如，同是呕吐，有用温法而愈的，又有用寒法奏效的，更有用寒热并用治疗的，这就说明胃气虚寒、胃中实热和寒热互结，均可使胃气上逆，引起呕吐。通过这种一果多因关系的探索，大大丰富了胃气上逆病机的认识，从而为中医学"同病异治"的原则奠定了认识论基础。
再次，一些复杂的疾病，常常会出现由不同的病理过程形成的几组不同的证候。通过对这种证候与病机间多因多果复杂联系的探求，进一步丰富了中医学对病机的认识，并且对于病理过程的认识更加符含复杂疾病发生演变的客观规律。例如，中医学对表证兼痞证病机的认识过程，就体现了上述认识方法。患者症见恶寒，病属在表：又见心下痞满，病属在里。因此，作为结果而言的证候有两个。通过具体的分析认为，太阴之邪未解是引起恶寒的原因；心下痞满，则是由于治疗失当，先下复汗，致邪热内陷，结于心下，作为原因而言的炳机也有两个方而。因而在治法上，就应先解表，然后用清里洪治痞。这种认识方法，能够使人们通过分辨证候出现的先后次序及其性愤的差异，把一组复杂的证候，看成是一个由不同的原因引起的几个不同结果组成的统一体来加以认识，再通过对引起这些证候的不同病机的探求，去认识存在于同一疾病中的不同病理过程以及它们之间的演变过程。
另外，在疾病的发生发展过程中，不但证候与病机之间存在着因果联系，病机与病机之间也存在着因果联系，以及因果互转化的辩证关系。病理过程对于由它所引起的证候而言是因，但它又可以由另一个病理过程引起，从这一角度来说，它已由因转化为果。例如，胃痛的病机是胃气阻滞，不通则痛，胃痛是结果，胃气阻滞是病机，是原因。但胃气阻滞又是由于肝气郁结，横逆犯胃引起，因此它又是后者的结果，正是由于中医学把握了这种因果相互转化的辩证关系，所以就能够深入和全面地了解到病机中隐藏较深的本质，就能够从错综复杂的证候和病机演变中，用动态变化的观点认识疾病的涡理过程。在复杂的疾病中，一个病理过程可以引起另一个病理过程，前者是因，后者是果。但反过来，后一个病埋过程又可以强化前一个病现过程，成为造成前一个病理过程进一步发展的原因，这就是存在于病机自身发展过程中的因果反馈现象。例如，在脾胃阳虚，水饮不化，饮邪内阻这一病理过程中，肿胃阳虚是因，饮邪内阻是果。但饮邪内阻反过来又能阻滞脾胃阳气的开发，使脾胃阳虚益甚，饮邪内阻又成了脾胃阳虚之因。因此，在治疗上，不但要温脾而且要化饮，只有这样才能切断病理过程中的反馈双方的联系，达到较好的治疗效果。如若中医学不是从因果间互为囚果的辩证关系出发，认识病理过程中存在的反馈，是不可能制定出同时针对互为因果双方的治疗方法的。
总之，中医学从对疾病与病因、证候与病机、病机与病机间的因果联系的分析出发，并进而运用辩证的思维方法，掌握了一因多果、一果多因、多因多果、因果转化和互为因果的辩证关系，这就便中医学所认识的疾病病理过程符合于客观存在的疾病的本质和规律。因此可以认为，由果析因的认识方法，是中医学认识病机的只有特殊意义的思想方法。