地理因素是指不同地域、地势、地质水土与生活习俗等，对人体的致病作用和对病情的影响。由于人类生活居处的方域有东西南北之异，地势有高下燥湿之殊，水土有厚薄之分，气候有凉热之别，此活习俗与饮食习惯亦各有不同，对疾病的发生和流行就有不同的作用和影响。一般说来，西北之域，地势高峻，居处干燥，气候寒冷而多风，水土刚强，人之膜埋常闭而少开，故多风寒中伤或燥气为病；东南之方，地势低下，属处卑湿，气候温暖或炎热潮湿，水土薄弱，人之腠理常开而少闭，故多湿邪或湿热为病。所以，《丹溪心法》说："西北二方，极寒肃杀之地，故外感甚多；东南二方，温和之地，外伤极少"。这里的"外感"、"外伤"，主要指寒邪而言。又说："东南之人，多是湿土生痰，痰生热，热生风"。这里的"风"，则是指内风而言。《证治汇补‧湿证》亦说："东南卑下，山泽蒸气，湿从外入，自下而上……。西北地高，外燥内湿不得宣越，从内外发。"《素问‧异法方宜论》曾总结说，此皆"地势使然也"。这是古代医家对于方位异殊等地理因素致病规律的认识。
其次，从现代流行病学和地质学研究得知，地壳表面元素分布的不均一性，在一定程度上影响着世界各地区人类乃至所有生物的生长发育和生理、病理，使得一些疾病带有强烈的地区性和地方性。例如我国东南沿海及长江流城，即多血吸虫病和钩端螺旋体病之流行，而东北。四北二刀朋很少或无有；后省则多有克山病及大骨节病的发生，而东商地区则较少见；鼻咽癌以广东为高发，食道癌则以华北、西北一些地方及习食酸菜的地区为多发；痿病则以水土作物中缺碘之地易发。又如东南之地多沙虱、水毒为患，岭南及滇南又多瘴疟为病；近海、近水、近湿者多湿气、湿痹；近山傍林者则多受山岚障气为病；城居者多情志力病或中风、胸痹，乡居者多六淫外感或虫症、痹证，都是方域地势和水土居处影响疾病发生的表现。
另外，居处方域和生活环境的骤然迁移或改变，也可因一时不能适应而造成疾病的发生或加重，同时也可因此而导致一些疾病的减轻或向愈。前者一般称之为"水土不服"。如《诸病源候论‧痢疾诸候》中说："夫四方之气，温凉不同，随乃嗜欲，因此成性。若移其旧土，多不习服，必因饮食，以入肠胃，肠胃不习，便为下痢，故名不服水土痢也"。其实因饮食肠胃不习而致病，仅仅是水土不服的一个方面，它还包括了气候环境和生活习俗的不适应。例如从内地初至边疆，从平原初到高山、高原，由南乃迁属北方，从温暖炎热之地初至严寒冷冽之乡，从城居初到乡居等，都常可出现不适反应以至发生相应的疾病，有的引起旧有疾病的发作与加重。另有一些疾病，往往可因易地而减轻或同愈，如冷哮病者，移居南方温暖之地，或热哮病者移居北方凉冷之地，常可停止发作或不发。一些风痈、瘾疹病者，亦可因移易居处地区而向愈等。可见方域之殊与地势之异对疾病的影响有密切关系。