蟲毒包括沙虱、射工、水毒、蠱毒、屍蟲、癆蟲及諸蟲等，多數是肉眼可以看到的有一定形態的致病物體，其中有些也可引起傳染和流行，並具有一定的地區性。
沙虱早在晉‧葛洪《肘後方》中即有記述。《病源‧沙虱候》作了較詳的描述，謂"其蟲甚細，不可見人","生於山內水間"，"入水浴及汲水澡浴，……及陰雨日行草間"，蟲便著於人身，初得時皮上有瘡，以後則"令百節疼強痛寒熱"。據近代研究，沙虱即恙蟲及其傳播的恙蟲熱，為一種病源媒介物。
射工、水毒、蠱毒，《病源》對其形狀、發病地區及症狀表現作了詳細記述，謂"江南有射工毒蟲"："自三吳已東，及南諸山郡山縣，有山谷溪源處，有水毒病，春秋輒得，……亦名溪溫"；對蠱毒病候記述尤為詳盡。根據近代研究，其所指多為血吸蟲病，尤以急性期者為然。
疥蟲是引致疥瘡的病原。《病原‧疥候》謂其"並皆有蟲，人往往以針頭挑得，狀如水肉腐蟲"。
癆蟲是引致肺癆和癆痰的病原。其特點是蝕人肺藏和有傳染性。早在《千金方》就指出："肺蟲居肺間，蝕肺係，故成癆燎"；《肘後方》則指出其"死後復傳之旁人，乃至滅門"：宋《直指方》也說："其侍奉之人，薰陶日久，受其惡氣，多遭傳染"等。
寸白蟲等諸蟲是引致多種腸道及消化道寄生蟲病的病原。早在內經時代即有一定認識，如《靈樞‧厥病篇》曰："腸中有蟲瘦及蛟賄"，即指蛔蟲為病。《傷寒論》論述了"蛔厥"的證治，《金匱，禽獸魚蟲禁忌並治篇》更指出，"食生肉，變成白蟲"。《病源‧九蟲病諸候》則總括為伏蟲、忱蟲、白蟲、肉蟲、肺蟲、胃蟲、弱蟲、赤蟲、燒蟲等九蟲，並對其形狀和寄居部位，均分別作了記述。其巾"白蟲"即寸白蟲，謂可"長至四五尺，亦能殺人"，顯係指絛蟲而言。而"肺蟲"或指肺吸蟲病。另外，還提出了"齲蟲，《奇效良方‧諸蟲門》所說"九蟲皆由，……雜食生冷甘肥油膩滷藏等物，或食瓜果與畜獸內藏遺留諸蟲子類而生"，則是對諸蟲為病的致病途徑相傳播方式的概括。
除上述三者外，中醫學中尚有"穢濁之氣"或"穢濁之邪"的病因名稱，它既不同於六淫，也不同於戾氣的概念，但與二者又有密切的關係。考其含義，或為自然界中穢濁、惡濁不潔之氣，如空氣污濁及臭惡之氣，污穢之物，或濕熱薰蒸之氣等；或指大氣污染及有毒之氣；或為六淫、戾氣致病後病程經過中醞釀化生的病理產物，如痰濁、混濁、飲濁、瘀濁、帶濁等。其後二種的含義與所指，則已不屬自然因素範圍了。(王開林)