虫毒包括沙虱、射工、水毒、蛊毒、尸虫、痨虫及诸虫等，多数是肉眼可以看到的有一定形态的致病物体，其中有些也可引起传染和流行，并具有一定的地区性。
沙虱早在晋‧葛洪《肘后方》中即有记述。《病源‧沙虱候》作了较详的描述，谓"其虫甚细，不可见人","生于山内水间"，"入水浴及汲水澡浴，……及阴雨日行草间"，虫便著于人身，初得时皮上有疮，以后则"令百节疼强痛寒热"。据近代研究，沙虱即恙虫及其传播的恙虫热，为一种病源媒介物。
射工、水毒、蛊毒，《病源》对其形状、发病地区及症状表现作了详细记述，谓"江南有射工毒虫"："自三吴已东，及南诸山郡山县，有山谷溪源处，有水毒病，春秋辄得，……亦名溪温"；对蛊毒病候记述尤为详尽。根据近代研究，其所指多为血吸虫病，尤以急性期者为然。
疥虫是引致疥疮的病原。《病原‧疥候》谓其"并皆有虫，人往往以针头挑得，状如水肉腐虫"。
痨虫是引致肺痨和痨痰的病原。其特点是蚀人肺藏和有传染性。早在《千金方》就指出："肺虫居肺间，蚀肺系，故成痨燎"；《肘后方》则指出其"死后复传之旁人，乃至灭门"：宋《直指方》也说："其侍奉之人，薰陶日久，受其恶气，多遭传染"等。
寸白虫等诸虫是引致多种肠道及消化道寄生虫病的病原。早在内经时代即有一定认识，如《灵枢‧厥病篇》曰："肠中有虫瘦及蛟贿"，即指蛔虫为病。《伤寒论》论述了"蛔厥"的证治，《金匮，禽兽鱼虫禁忌并治篇》更指出，"食生肉，变成白虫"。《病源‧九虫病诸候》则总括为伏虫、忱虫、白虫、肉虫、肺虫、胃虫、弱虫、赤虫、烧虫等九虫，并对其形状和寄居部位，均分别作了记述。其巾"白虫"即寸白虫，谓可"长至四五尺，亦能杀人"，显系指绦虫而言。而"肺虫"或指肺吸虫病。另外，还提出了"龋虫，《奇效良方‧诸虫门》所说"九虫皆由，……杂食生冷甘肥油腻卤藏等物，或食瓜果与畜兽内藏遗留诸虫子类而生"，则是对诸虫为病的致病途径相传播方式的概括。
除上述三者外，中医学中尚有"秽浊之气"或"秽浊之邪"的病因名称，它既不同于六淫，也不同于戾气的概念，但与二者又有密切的关系。考其含义，或为自然界中秽浊、恶浊不洁之气，如空气污浊及臭恶之气，污秽之物，或湿热薰蒸之气等；或指大气污染及有毒之气；或为六淫、戾气致病后病程经过中酝酿化生的病理产物，如痰浊、混浊、饮浊、瘀浊、带浊等。其后二种的含义与所指，则已不属自然因素范围了。(王开林)