伏邪学说肇源于《内经》。《素问‧生气通天论》所说"冬伤于寒，春必病温"，开创了伏寒化温理论的先导；《素问‧金匮真言论》"藏于精者，春不病温"，则从内在因素方面指出了阴精不足是包括伏气温病在内的温病发病条件；《素问‧刺热篇》说："其热病内连肾"，说明伏气温病的病变部位与肾相关。《伤寒论‧平脉法》说："伏气之病，以意候之"，提出了伏气温病的名称；同书太阳病第6条"太阳病发热而渴，不恶寒者为温病；若发汗已，身灼热者，名曰风温"的论述，则被认为是伏热外发的临床表现及其治疗禁忌的记载。晋‧王叔和腑《伤寒例》中首先提出邪伏部位是寒毒藏于肌肤。他说："中而即病者曰伤寒，不即病者，寒毒藏于肌肤，至春变为温病，至夏变为暑病。"同时，王氏还指出引发伏邪的因素是"更感异气"。并根据引发因素的不同，对伏气温病予以不同命名，如"重感于寒者，变为温疟"；"更遇于风，变为风温"；"更遇温热，变为温毒"；"更遇温气，变为温疫"等。隋‧巢元方《病源‧温病发斑候》又认识到不独伏寒化温，更有"冬时天时温暖，人感乖戾之气，未即发病，至春又被积寒所折，毒气不得发泄，至夏遇温热，温毒始发出于肌肤，斑烂隐轸，如锦文也"。这就突破了伏寒化温单一因素的局限。宋‧朱脓对伏邪的引发因素作了重要补充，指出伏邪为气候引发。他在《活人书》卷五中说："其不即时而病者，寒毒藏于肌肤之间，至春夏阳气发生，刚来薄与阴气相薄于荣卫之间"。金‧刘河间认为伏气温病，四时皆有，扩大了伏气温病的范围。至于邪伏部位，历代医家认识不一，如王叔和主肌肤说，巢元方主肌骨，吴又可则主募原等。至清‧喻嘉言复倡三纲鼎立学说，谓冬伤于寒，伏在肌肉；冬不藏精，伏在骨髓；冬不藏精复冬伤于寒，则内外受邪。雷少逸则提出邪伏部位随内在因素而有异，如肾虚之体，则伏贼于少阴；劳苦体实之人，则伏藏于肌膀，其说较切合实际。关于伏邪外发的途径，张石顽认为必从少阳而出。提出"伏邪自内达表，必先少阴经始"(《伤来绪论‧总论，温病》)。柳宝治《温热逢源》则指出"必从经气之虚处而出"。何廉臣则认为，凡伏气温病，皆是伏火。总之，伏邪之说，历代沿袭，至今仍为医家所重视。
如前所述，邪气的伏匿和发病均有一定条件。首先，在邪气的感受程度方面，如感邪不盛，亦难觉察。如《灵枢‧邪气脏腑病形篇》云："正邪之中人也微，先见于色，不知于身，若有若无，若亡若存，有形无形，莫知其情"。《内经》所言正邪是指六淫从时令旺方来者，如冬以寒为正邪，故冬伤于寒，令人不觉，至春变为温病。吴又可亦说："感之浅者，邪不胜正，未能顿发"《温疫论‧原病》)。在体质因素方面，正气不足，邪气即得以乘虚藏。如肾精亏虚，寒邪易于深入内伏，渐从热化；或正气先馁，致邪气深伏，不能托邪外达等。邪伏部位亦常随体质状况而异：劳动体健，正气相对较盛之人，多伏藏于气分，如募原、三焦等处；禀赋素亏，阴液不足之体，多伏藏于营血分；如阴精素虚者，则易伏匿于少阴。此外，邪伏部位与感邪性质亦有一定关系：如寒邪多藏于少阴肾，暑湿常伏于少阳三焦相募原等处。其次，在伏气的发病方面，伏邪可为多种因素所引发。首先是气候因素：如春季温暖，阳气升发，则引动在里伏热；亦可由外感时令之邪而引发，一般称"新感引动伏邪"；他如饮食不节、过度劳累，情志不遂等，均可使正气受伤而致伏邪从里外发为病。如吴又可说："饥饱，劳碌，忧思，气怒，邪气始得张溢"(《温疫论，原病》)。
至伏邪外发的途径和方式，或由里而达表，或由里而再里。正如柳宝治说："伏温由阴而出于阳，于病机为顺。若病发于阴而即溃于阴，不达于阳，此病机为逆。"《温热逢源‧伏温阴阳淆乱见证锚杂》)。其临床表现，由于伏邪内溃，里热外发，充斥肆逆，故多呈现一派里热灼炽证候，如灼热、躁烦、口渴、尿赤、斑疹、吐血蛆血、痉厥、舌红绛无苔等。如由外感引发者，亦可兼有恶寒发热的表证。其特点为病程较长、病势较重、病情多变而缠绵难愈，非伏邪透尽，则邪热不解。
伏气温病的治疗，一般以直清里热为主，若兼有表邪相表证者，则宜兼以解表。故王安道说："法当清里热为主，而解表兼之，亦有治埋而表自解者"(《医经溯洄集，伤寒温病热病说》)。王孟英则指出，如"起病之初，……但察其脉软而或弦，或微数，口未渴而心烦恶热，即宜投以清解营阴之药。追邪从气分而化，……然后再清其气分可也"(《温热经纬‧叶香岩外感温热篇》)。叶天士在主张"苦寒直清里热"的同时又提出，"若因外邪先受，引动在里伏热，必先辛凉以解新邪，继进苦寒以消里阳热"(同上书《叶香岩三时伏气外感篇》)。以上三家之论，概括说明了伏气温病初起的几种不同发病情况和治法。