臟腑病機，是指藏俯的功能與形質發生異常改變的機理。中醫學對臟腑病變機理的認識起源很早，可以追溯到《黃帝內經》成書以前的戰圍前期。早在《列子‧周穆王》中即有"去其心則口不能言，去其肝則目不能視，去其腎則足不能立"的記載。《內經》在藏象學說的基礎上，比較全面地闡述了臟腑病機的內容。其中，尤以《素問‧至真要大論》的病機十九條，是臟腑病機的範例，為贓腑辨證的建立和發展奠定了基礎。東漢張衝景《傷寒雜病論》以臟腑經絡學說為依據，把病證的產生看作是臟腑病理變化的反映，開創了根據臟腑病機進行辨證論治的先河。隋唐時代《諸病源候論》、《千金方》、《外台秘要》等醫學著作，基本上都足以臟腑為綱論述的。如《千金方》在每一臟腑之下，首列總論，綜述該臟腑的生理、病理和辨證治療等內容，次列虛實寒熱諸病證候，分門別類，內容豐富，所以按臟腑病機分證，至此時期巳獲得較全而的發展。宋元以後，臟腑病機的研究以脾胃和腎命最為突出。李杲所著《脾胃論》認為人的生命主要依靠元氣的維護，而元氣賴胃氣以滋養。故脾胃為元氣之本，提出"脾胃之氣既傷而元氣亦不能充，諸病之所由生也"的論點，頗受醫家的重視。朱丹溪《格效餘論》對心腎肝三藏的病理作了探討，認為腎精難成易虧，肝腎相火易於妄動，提出了"陽常有餘，陰常不足"的病機理論。明‧薛立齋《內料摘要》重視脾胃淵源於東垣，而對於腎與命門的病理，則認為不當囿於丹溪"陽常有餘，陰常不足"之說。趙獻可《醫貿》多闡發薛氏之學而獨重於腎水命火，對其病機大加發揮。明清以降，對臟腑病機的討論更趨深入。如絢石《理虛元鑑，理虛二統》提出："陰虛之證統於肺，陽虛之證統於脾"，對肺脾虛弱的病機頗有闡述。又如王泰林《夜話錄》以氣風火闡述肝藏病機，也很有發明。經過歷代醫家的補充和發揮，臟腑病機的理論日臻完善和系統，實際上成為中醫病機體係中的核心部分。
人體以臟腑為中心的五大系統，在生理上既互相獨立，又相互聯係，從而維持著整體的協調平衡；而在病理狀況下，也相互影響，引起藏病傳腑、腑病傳藏、藏病及藏、腑病及腑等多種傳變、轉歸的病理變化。但是，無論臟腑病機怎樣複雜，只要抓住臟腑病機的要素，即病因、病位、病性、病勢等進行分析，就可以認識其發生、發展的規律。關於病因，前面已有專章論述。所謂病性，即疾病的性質，是臟腑病機的要點之一。在疾病的發生、發展過程中，邪正鬥爭及其力量對比是決定病性的主要因素。一切疾病的任何階段都反映出邪正鬥爭的特定結果，這種結果的病理狀態可以歸納為虛實和寒熱的不同病理性質。其中，虛實反映了臟腑氣機盈虧盛衰以及正氣寫邪氣的消長強弱狀況。正氣與藏腑氣機不足為虛，邪氣亢盛(包括水、食、痰、血的積留瘀滯)為實，此即《素問‧通評虛實論》所說的"邪氣盛則實，精氣奪則虛。"至於寒熱，則反映了機體陰陽和臟腑氣機偏盛偏衰的不同狀態。陰氣偏盛，臟腑氣機衰減出現的病理為寒，陽氣偏盛，藏腑氣機亢奮出現的病理為然，是嘆映病性的又一方面。寒熱，是決定病性的又一側面。虛實相寒熱，是疾病發展過程中病變性質的基本病理，是從邪正力量對比和陰陽失調狀況兩個不同的側面反映疾病的本質，二者是相互滲透的邪正力量對比和陰陽盛衰狀況的病理概念。所謂病位，即指藏腕病機的定位。它是建立在藏象學說系統定位基礎之上的。中醫藏象學說的系統定位，使結構和功能有機地結合起來，並以功能系統定位為主，結構系統居於次要地位，這就是臟腑病機系統定位的主要特點。所謂病勢，是指疾病的發展變化趨勢，包括"傳變"和"轉歸"。疾病處於不斷運動變化之中，病機僅僅是對疾病某一階段病理的揭示。隨著病情的變化，病機也將隨之而變。一個疾病病理變化的全過程，是無數個病變階段上所有病機的總和。在確定具體的病機時，既要考慮現階段的病勢，也要考慮其病變轉歸。只有全面了解疾病的傳變相轉歸趨勢，才能更加深刻地認識現證病機。所以病勢也是研究藏藏病機的重要內容。與此同時，探討臟腑病機還必須注意以下幾層關係：第一，五臟系統的整體性聯係。人體六腑、五體、五官與五藏有著不可分割的聯係，某藏發生病變，可從本藏所有生理功能和所屬各個方面反映出不同的病象。例如，肺主氣之宣降以敷布津液，通調水道，外合皮毛，衛外為固，上通於喉，開竅於鼻。所以肺藏有病，常從肺藏、肺係、肺衛、肺竅各個部位反映出氣和津液的異常狀態。又如心藏神，主血脈的運行，外聯脈絡，下合小腸，開竅於舌。所以心藏有病，常從神、心、血、脈、舌五個方面反映出病理變化。因此，只有聯係本系統的結構和功能的各個方面進行分析，才能揭示其病變本質：第二，五臟六腑之間的協同關係。人體五臟之間是相通的，各藏的功能活動既是本系統的緊密配合，也需要五臟間的協同合作。五臟相互協調、相互制約，才能完成氣機的升降出入運動。所以，五臟之間是不可分的，分析任何一藏的病機，都要考慮五臟間的協同關係；第三，臟腑功能與氣血津精之間的辨證關係。氣血津精是臟腑功能活動的物質基礎，是五臟六腑賴以繼持正常功能活動的源泉。然而，氣血津腑的攝納，生化、輸洩又反映了臟腑之間的協同作用。任何一藏發生病變，無論是氣機障礙、氣化失常、還是形質損傷，總要影響氣血津精發生病理改變，不是阻滯，就是虧損。所以分析臟腑病機，還必須注意氣血津精的盈虧、運行狀態；第四，氣血津精的依存、運行和轉化關係。臟腑的病理變化必然影響到氣血津情的運行、依存和轉化關係，分析氣血津精的這些關係，就能更深刻地認識臟腑病理變化。