脏腑病机，是指藏俯的功能与形质发生异常改变的机理。中医学对脏腑病变机理的认识起源很早，可以追溯到《黄帝内经》成书以前的战围前期。早在《列子‧周穆王》中即有"去其心则口不能言，去其肝则目不能视，去其肾则足不能立"的记载。《内经》在藏象学说的基础上，比较全面地阐述了脏腑病机的内容。其中，尤以《素问‧至真要大论》的病机十九条，是脏腑病机的范例，为赃腑辨证的建立和发展奠定了基础。东汉张冲景《伤寒杂病论》以脏腑经络学说为依据，把病证的产生看作是脏腑病理变化的反映，开创了根据脏腑病机进行辨证论治的先河。隋唐时代《诸病源候论》、《千金方》、《外台秘要》等医学著作，基本上都足以脏腑为纲论述的。如《千金方》在每一脏腑之下，首列总论，综述该脏腑的生理、病理和辨证治疗等内容，次列虚实寒热诸病证候，分门别类，内容丰富，所以按脏腑病机分证，至此时期巳获得较全而的发展。宋元以后，脏腑病机的研究以脾胃和肾命最为突出。李杲所著《脾胃论》认为人的生命主要依靠元气的维护，而元气赖胃气以滋养。故脾胃为元气之本，提出"脾胃之气既伤而元气亦不能充，诸病之所由生也"的论点，颇受医家的重视。朱丹溪《格效余论》对心肾肝三藏的病理作了探讨，认为肾精难成易亏，肝肾相火易于妄动，提出了"阳常有余，阴常不足"的病机理论。明‧薛立斋《内料摘要》重视脾胃渊源于东垣，而对于肾与命门的病理，则认为不当囿于丹溪"阳常有余，阴常不足"之说。赵献可《医贸》多阐发薛氏之学而独重于肾水命火，对其病机大加发挥。明清以降，对脏腑病机的讨论更趋深入。如绚石《理虚元鉴，理虚二统》提出："阴虚之证统于肺，阳虚之证统于脾"，对肺脾虚弱的病机颇有阐述。又如王泰林《夜话录》以气风火阐述肝藏病机，也很有发明。经过历代医家的补充和发挥，脏腑病机的理论日臻完善和系统，实际上成为中医病机体系中的核心部分。
人体以脏腑为中心的五大系统，在生理上既互相独立，又相互联系，从而维持着整体的协调平衡；而在病理状况下，也相互影响，引起藏病传腑、腑病传藏、藏病及藏、腑病及腑等多种传变、转归的病理变化。但是，无论脏腑病机怎样复杂，只要抓住脏腑病机的要素，即病因、病位、病性、病势等进行分析，就可以认识其发生、发展的规律。关于病因，前面已有专章论述。所谓病性，即疾病的性质，是脏腑病机的要点之一。在疾病的发生、发展过程中，邪正斗争及其力量对比是决定病性的主要因素。一切疾病的任何阶段都反映出邪正斗争的特定结果，这种结果的病理状态可以归纳为虚实和寒热的不同病理性质。其中，虚实反映了脏腑气机盈亏盛衰以及正气写邪气的消长强弱状况。正气与藏腑气机不足为虚，邪气亢盛(包括水、食、痰、血的积留瘀滞)为实，此即《素问‧通评虚实论》所说的"邪气盛则实，精气夺则虚。"至于寒热，则反映了机体阴阳和脏腑气机偏盛偏衰的不同状态。阴气偏盛，脏腑气机衰减出现的病理为寒，阳气偏盛，藏腑气机亢奋出现的病理为然，是叹映病性的又一方面。寒热，是决定病性的又一侧面。虚实相寒热，是疾病发展过程中病变性质的基本病理，是从邪正力量对比和阴阳失调状况两个不同的侧面反映疾病的本质，二者是相互渗透的邪正力量对比和阴阳盛衰状况的病理概念。所谓病位，即指藏腕病机的定位。它是建立在藏象学说系统定位基础之上的。中医藏象学说的系统定位，使结构和功能有机地结合起来，并以功能系统定位为主，结构系统居于次要地位，这就是脏腑病机系统定位的主要特点。所谓病势，是指疾病的发展变化趋势，包括"传变"和"转归"。疾病处于不断运动变化之中，病机仅仅是对疾病某一阶段病理的揭示。随着病情的变化，病机也将随之而变。一个疾病病理变化的全过程，是无数个病变阶段上所有病机的总和。在确定具体的病机时，既要考虑现阶段的病势，也要考虑其病变转归。只有全面了解疾病的传变相转归趋势，才能更加深刻地认识现证病机。所以病势也是研究藏藏病机的重要内容。与此同时，探讨脏腑病机还必须注意以下几层关系：第一，五脏系统的整体性联系。人体六腑、五体、五官与五藏有着不可分割的联系，某藏发生病变，可从本藏所有生理功能和所属各个方面反映出不同的病象。例如，肺主气之宣降以敷布津液，通调水道，外合皮毛，卫外为固，上通于喉，开窍于鼻。所以肺藏有病，常从肺藏、肺系、肺卫、肺窍各个部位反映出气和津液的异常状态。又如心藏神，主血脉的运行，外联脉络，下合小肠，开窍于舌。所以心藏有病，常从神、心、血、脉、舌五个方面反映出病理变化。因此，只有联系本系统的结构和功能的各个方面进行分析，才能揭示其病变本质：第二，五脏六腑之间的协同关系。人体五脏之间是相通的，各藏的功能活动既是本系统的紧密配合，也需要五脏间的协同合作。五脏相互协调、相互制约，才能完成气机的升降出入运动。所以，五脏之间是不可分的，分析任何一藏的病机，都要考虑五脏间的协同关系；第三，脏腑功能与气血津精之间的辨证关系。气血津精是脏腑功能活动的物质基础，是五脏六腑赖以继持正常功能活动的源泉。然而，气血津腑的摄纳，生化、输泄又反映了脏腑之间的协同作用。任何一藏发生病变，无论是气机障碍、气化失常、还是形质损伤，总要影响气血津精发生病理改变，不是阻滞，就是亏损。所以分析脏腑病机，还必须注意气血津精的盈亏、运行状态；第四，气血津精的依存、运行和转化关系。脏腑的病理变化必然影响到气血津情的运行、依存和转化关系，分析气血津精的这些关系，就能更深刻地认识脏腑病理变化。