肺藏生理系统由肺藏、肺系、腑经及相合的皮毛、大肠等五个部分组成。肺藏位于横膈之上，与心同居胸中，其位最高，为五脏六腑之盖，故有华盖之称。张景岳《类经图翼》说："肺叶自莹，谓为华盖，以覆诸藏，虚如蜂窠，下无透窍，吸之则满，呼之则虚，一呼一息，消息自然。司清浊之运化，为人身之橐龠。"其位置和结构都十分适应盈虚消息、吐故钠新的功能需要。鼻为肺之外窍，喉为肺之门户，由气管与肺相连，成为大气呼吸出入之通道。这条通道，统称肺系。皮毛属于体表最外一层，是防御外邪的屏障。汗孔又称玄府，有泄汗、散气以调节呼吸和津液代谢的作用。《素问‧生气通天论》称之为"气门"，亦称"鬼门"。《素问‧阴阳应象大论》说："肺主皮毛。"皮毛曲肺藏输布的卫气和津液所温养。故皮毛、汗孔和肺有密切联系。对其生理功能则常以"肺卫"来概括。手太阴肺经起于胸中，属肺，下络大肠，故肺与大肠相表里，而肺经也就成为肺藏系统不可分割的一部分。
肺司呼吸。通过肺的吸入呼出，使体内之气与自然之气进行交换，即《素问‧阴阳应象大论》"天气通于肺"之理。但是，整个呼吸运动之完成，则不仅限于肺，还与心、肾等藏功能有密切的关系。肺主气是指宗气的作用。宗气是肺吸入自然之气与水谷精气的结台。由于肺朝百脉，宗气才得以上循喉咙而司呼吸，贯注心脉而布于周身。肺司呼吸和主一身之气，是相互联系的两个方面。肺主一身之气，主要取决于肺司呼吸的功能。肺藏吸清呼浊，为宗气的生成提供物质来源，是肺主一身之气的基本条件。宗气生成之后，又是肺司呼吸的基本动力。两者相辅相成，体现了肺气的主要生理功能。其余肺主治节，助心行血；肺气肃降，通调水道；肺气宣发，布散气津；温润肌肤，开窍于鼻，主司嗅觉等等，都是肺主气在肺藏生理系统各个方面的具体体现。肺主气主要是通过宣发和肃降两种运动形式来实现的，而宣降失常也就成为肺的基本病理。
宣发，即宣布发散之意。《灵枢‧决气篇》云："上焦开发，宣五谷味，薰肤，充身，泽毛，若雾露之溉，是谓气。"肺的宣发，实际是指肺气能使卫气和津液布散全身，以温煦肌肤，充养身体，润泽皮毛的功能。皮肤的汁孔-气门，也有助肺散气、布津的作用。所以，肺的宣发功能失常，病变常见于肺卫。《素问‧咳论》说："皮毛者，肺之合也，皮毛先受邪气，邪气从共其合也。"指出了外邪侵袭多从皮毛而犯肺的病理特点，这也就是肺多表证的原因。肃降，即清肃下降之义。肺气肃降的生理特点，主要表现在气机的升降和水津的输布两个方面。人体的气，是在不断运动之中，而上下升降则是气机运动的基本形式之一。以五脏气机升降而言，肝肾同居下焦，居于下者主升。肝喜条达，其性升发；肾寓元明元阳，肾阴之上济心阳，水液之赖肾阳的气化、蒸腾而五经并行，都是在下者主升的功能。心肺同居上焦，在上者主降。心阳之下交肾阴，肺气之肃降下行，都是主降的功能。如果肺气失降而上逆，不但可以直接引起本藏病变，出现喘咳等证，还可影响脏腑间的气机升降运动。另外，肺主肃降，还有通调水道，促进相维持人体津液输布的作用。人体吸收的水谷津液，经脾气散精，上归于肺之后，一方面由肺气宣发到皮毛以温润肌肤腠理，其中多余部分，通过汗孔排出体外，是为汗。另一方面，通过肺气的肃降作用，使津液由上达下，水津四布、五经并行，营运于五脏六腑，气化于三焦水道，最终下输膀胱，保持小便的通畅，以维持水液代谢的正常协调，故又称"肺为水之上源"。如果肺失肃降，通调水道的功能失常，就会造成津液代谢的障碍，或因津液不布失于滋润而成燥，或停聚体内而成痰成饮，或因水道不通泛溢肌肤而发为水肿。总之，肺藏生理活动以宣发与肃降为基本功能，是肺的生理功能相辅相成的两个方面，也是其主气和布津的主要方式。肺气有宣有降，气津就出入有序。气行通畅，则呼吸均匀，血运畅通；水津四布，则外濡肌表，内润脏腑。一旦发生病理变化，主气功能障碍，肺气失宣，则卫阳郁遏而开阖失常；肃降失常，则肺系迫急而气逆喘咳；津失输布，则汗出失常，或津蓄肺系而痰涕滋生。因此，肺藏系统的生理病理特点，总以津气的宣降状态为其机括。引起肺藏病变的原因，有外邪侵袭和内伤传变两个方面。外感疾病，多巾肺卫、肺系间本藏传变，形成所谓表证或上焦手太阴证。因此，肺藏系统的病因病机，主要是外感疾病初期的内容。这是由肺藏自身的结构与功能特点所决定的。因为，肺位最高而职司呼吸，直接与外界大气相通，且肺合皮毛而主表，为一身之屏障，外邪侵犯人体，多从鼻窍、皮毛侵入，循肺系、腑卫而首先犯肺，加以肺为娇藏，易感寒热之故。在内伤疾病中，凡是导致气机升降失常与津液输布障碍的病变，往往余影响肺藏的宣降功能，传变而成肺藏内伤疾患，这也是造成肺藏病变的重要方面。治疗肺藏疾患，虚证宜补益肺气，或滋养肺阴，补其不足，实证当宣降肺气，通调津液，去其壅滞。虚实互见，则补泻兼施，或补中有泻，或泻中有补。总宜着重于调理津气，立足于恢复宣降，同时根据肺为娇藏，畏寒畏热的特点，用药宜温(肺气)，宜润(肺阴)，是其一般原则。