十二经脉在四肢部各有一原穴。《难经‧六十六难》阐述原穴的意义说：“脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之根本也，故名曰原（气）。三焦者，原气之别使也，主通行三气（上焦、中焦、下焦），经历于五脏六腑；原者、三焦之尊号也，故所止辄为原（穴），五脏六腑之有病者皆取其原（穴）也。”这是指原穴关系到原气，原气来自“脐下肾间”，通过三焦散布于四肢，当其驻留的部位就称原穴。《灵枢‧九针十二原》：“五脏有疾也，应出十二原。十一原各有所出，明知其原，睹其应，而知五脏之在矣。”近代对经络的研究，也常以原穴作为本经的代表穴。

《灵枢‧九针十原》所说的十二原，是指两侧阴经（五脏）的原穴再加上腹部“膏之原”（原称“膈之原”）鸠尾和“肓之原”气海（脖映）。至《难经》以后，才列举十二经的全部原穴。其中阴经的原穴与五腧穴中的“输”穴相同，阳经则另有专穴。