十二经脉从四肢末端至肘或膝方向各有井、荥、腧、经、合五个特定穴，总称“五腧”。这是以水流的大小来形容各经脉气由小到大、由浅入深的特点。“所出为井，所溜不荥，所注为腧，所行为经，所入为合，二十七气所行，皆在五腧也。”（《灵枢‧九针十二原》）意指经气自四肢末端向上作用于头面躯干，像水流一样由小到大，由浅入深，经气初出，如水的源头，所以称“井”，多位于四肢爪甲之侧。经气稍盛，如水成微流，所以称“荥”，多位于指（趾）掌（跖）部。经气渐盛，如较大水流灌注，所以称“腧”，多位于腕（踝）关节附近。经气充盛，像水流之长行，所以称“经”，多位于腕（踝）或臂（胫）部。经气统盛深入处，宛如水流汇合，所以称“合”，多位于肘（膝）部附近。
| 阴经五腧穴 | |||||
| 经脉 | 井（木） | 荥（火） | 腧（土） | 经（金） | 合（水） |
| 手太阴肺经（金） | 少商 | 鱼际 | 太渊 | 经渠 | 尺泽 |
| 手厥阴心包经（君火） | 中冲 | 劳宫 | 大陵 | 间使 | 曲泽 |
| 手少阴心经（火） | 少冲 | 少府 | 神门 | 灵道 | 少海 |
| 足太阴脾经（土） | 隐白 | 大都 | 太白 | 商丘 | 阴陵泉 |
| 足厥阴肝经（木） | 大敦 | 行间 | 太冲 | 中封 | 曲泉 |
| 足少阴肾经（水） | 涌泉 | 然谷 | 太溪 | 复溜 | 阴谷 |
| 阳经五腧穴 | |||||
| 经脉 | 井（金） | 荥（水） | 腧（木） | 经（火） | 合（土） |
| 手阳明大肠经（金） | 商阳 | 二间 | 三间 | 阳溪 | 曲池 |
| 手少阳三焦经（相火） | 关冲 | 液门 | 中渚 | 支沟 | 天井 |
| 手太阳小肠经（火） | 少泽 | 前谷 | 后溪 | 阳谷 | 小海 |
| 足阳明胃经（土） | 厉兑 | 内庭 | 陷谷 | 解溪 | 足三里 |
| 足少阳胆经（木） | 足窍阴 | 侠溪 | 足临泣 | 阳辅 | 阳陵泉 |
| 足太阳膀胱经（水） | 至阴 | 通谷 | 束骨 | 昆仑 | 委中 |
五腧穴主治病症各有特点：井穴开窍醒神，可用于神识昏迷、心下烦闷；荥穴清泄邪火，可用于热病；腧穴可用于发作性病症、关节痛；经穴可用于喘咳和咽喉病症；合穴可用于肠胃等六腑病症。这就是《灵枢‧顺气一日分为四时》所说：“病在藏者，取之井；病变于色者，取之荥；病时间时甚者，取之腧，病变于音者，取之经；经满而血者，病在胃，及以饮食不节得病者，取之于合。”以及《难经‧六十八难》所作的补充解释：“井主心下满，荥主身热，腧主体重节痛，经主喘咳、寒热，合主逆气而泄。”《灵枢‧邪气藏府病形》归纳为：“荥腧治外经，合治内府。”意指各经的荥穴和腧穴主治外行经脉所过处的病症，合穴治六腑症。《难经》还将五腧穴配合五行，并在此基础上提出了“补母泻子”法。
井穴又是十二经脉的“根”穴，因其位于四肢末端便于临床诊察施治。针刺、按压或脉冲电刺激井穴常可出现经络现象；疾病时左右两侧井穴温差显著，可用测温仪测定人体两侧井穴的温差来检查经络平衡状态，为脏腑经络辨证提供参考。合穴是五腧穴的最后一穴，位于肘、膝关节附近。六腑中的大肠、小肠、三焦，在足三阳经上又有一合穴，称下合穴。《灵枢‧邪气藏府病形》说：“荥，腧治外经，合治内府”。这是指六腑下合穴而言。足三阳经上的六腑合穴，总称“六腑之合”，即“胃合于（足）三里，大肠合入于巨虚上廉（上巨虚），小肠合入于巨虚下廉（下巨虚），三焦合入于委阳，膀胱合入于委中央，胆合入于阳陵泉。”这是因为“大肠、小肠皆属于胃”，故其合穴同在足阳明胃经上；三焦水道，出于膀胱，故其合穴在足太阳膀胱经上；六腑下合穴是“阳脉之别入于内，属于府者”，临床上治疗“腑症”有显著作用。其他荥、腧等穴则以治疗各经的外部病症（外经病）为主。