穴位在发展过程中，最初可能是按病痛局部取穴，即“以痛为腧”。这时没有规定部位，也无所谓穴名。后来逐步积累医疗经验，发现某些穴位有特殊的治疗作用，因而确定其位置并给以定名，以便临床应用。《素问‧阴阳应像大论》说：“气穴所发，各有处、名。”《千金翼方》说：“凡诸孔穴，名不徒设，皆有深意。”唐代杨上善在《黄帝内经明堂》中，曾对经穴的名称逐一作了解释。清代程扶生《医经理解》中有篇《穴名解》，略说：“海，言其所归，渊、泉，言其深。狭者为沟、渎；浅者为池、渚。市、府，言其所聚；里、道，言其所由；室、舍，言其所居；门、户，言其所出入。尊者为阙、堂；要会者为梁。丘、陵，言其骨肉之高起；髎，言其骨之空阔；俞，言其气之传输。天，以言乎其上；地，以言乎其下。”命名的意义多数是从腧穴位置的特点或功能的特点而来，分述如下：
一、从位置特点命名
1.以所在解剖部位而名：如前顶、后顶、囟会、大椎（第七颈椎）、完骨（颞骨乳突）、巨骨（锁骨）、腕骨、曲骨（耻骨）、横骨（耻骨）、臂臑（上臂）、髀（大腿）关、乳中、膻（胸腔）中、脊中、肩髃（肩前角）、绝骨（腓骨下段上端形似断绝处）、上髎（骨节空隙处）、侠白（肱二头肌）、眉冲（眉头上冲）。
2.以山水地形比拟而名：如承山（腓肠肌肌腹）、外陵（腹肌隆起）、大陵（月骨）、梁丘（股外侧肌）、外丘（腓骨）、支沟、四渎、阴谷。
3.以生物、器具比拟而名：如犊鼻（膝前部），鸠尾（胸骨剑突）、鱼际（拇指球肌群边缘）、伏兔（股四头肌）、攒竹（眉毛）、大杼（脊椎骨）、颊车（下颌骨）、缺盆（锁骨上窝）、蠡（瓢勺）沟、箕门。
4.以天象、建筑物象征而名：“天”指上部，“地”指下部。“宫”“阙”居中，“廓”“窗”居两侧。如天冲、地机、上星、璇玑、紫宫、玉堂、听宫、巨阙、灵台、步廓、天牖、膺窗、神门、气户、内庭。5.以腧穴间的比较关系而名：如内关与外关、少商与商阳，委中与委阳，阳陵泉与阴陵泉，气冲与冲门、以及奇穴中的外劳宫，夹承浆、旁廉泉等。
二、从功能特点命名
1.以水流比拟气血而名：如太渊、经渠、气海、血海、中注、太溪、水泉、涌泉。
2.以经脉的交会曲折而名：如三阴交（足三阴经交会处）、阴交、阳交、交信（指脾经）、带脉、飞扬、曲差（曲折最大处）、复溜。
3.所关联的脏腑器官而名：如上脘（指胃）、中脘、下脘、肺俞、魄户（肺藏魄）、少商（肺音商）、心俞、神堂、神道、灵台、玉堂（均指与心相关）。
4.以主治特性而名：如风池、风府、风门（均为治风要穴）、哑门（治哑）、水分（利水）、光明（明目）、迎香（利鼻窍）、百劳（补虚治劳）。
此外，经外奇穴中还有以其组合形式为名，如二白、四花、四缝、五虎、八邪、八风、十宣、两扇门等。