人體上的腧穴是人們在長期的醫療實踐中陸續發現的。在馬王堆帛書《五十二病方》中，就記有一些灸治用的穴位。《史記‧扁鵲倉公列傳》記載了扁鵲用「三陽五會」穴治療尸蹶；還敘述了倉公（淳于意）「論俞所居及氣當上下出入」。討論穴位的位置及「氣」的傳導等情況。通過長期的實踐，隨著經驗的積累，逐步掌握了腧穴作用特性的規律，并予以整理，形成了系統的理論，對腧穴進行了分類和歸徑。

一、數量的增加

腧穴的發現是由少到多，逐步積累起來的。《內經》中雖有《靈樞‧本輸》、《靈樞‧背腧》、《素問‧氣穴論》、《素問‧氣府論》等論述腧穴的專篇，《氣穴論》還提到「氣穴三百六十五，以應一歲。」但實際上，《內經》各篇所載的穴名恰為160。《針灸甲乙經》所轉載《明堂孔穴針灸治要》一書中的內容，其穴名為349。後世《銅人腧穴針灸圖經》、《針灸資生經》、《十四經發揮》、《類經圖翼》、《醫宗金鑒》等書又略增補，至《針灸逢源》十四經穴名為361。其間所增加的經穴并不算多，可見歷代對此都持慎重態度。

二、主治的擴展

歷代文獻對各腧穴主治經驗的記載不斷增多，由簡到繁。一般說來，記載內容眾多者往往是臨床較為常用的穴位，其適應範圍廣，治療作用大。如足三里是臨床最常用的經穴之一，文獻記載內容最為豐富。早在《內經》中說有多處論述；後世針灸歌賦中也反覆提到，人們對足三里治療作用的認識是逐步擴展和加深的，《內經》中主要闡述足三里對胃腸的調整作用，凡是「邪在脾胃」，無論虛實寒熱都可「調于三里」；對「邪在膽，逆在胃」的嘔逆症，還可「取三里以下胃氣逆」。《明堂孔穴針灸治要》、《針灸甲乙經》主要補充了足三里的瀉陽明經熱的作用，以治狂歌、妄言、口噤、喉痹、乳癰有熱等。至三國時，華佗才提出「療五勞贏瘦，七傷虛乏」；南北朝時，秦承祖指出其「諸病皆治」。說明那時已強調其補虛、益氣作用。《外台秘要》說：「人年二十以上，若不灸三里，令人氣上衝目。」後人即據此而常灸三里以防治中風，稱之為「保健灸」。宋代張杲《醫說》載：「『若要安，三里莫要干』。患風疾人宜灸三里者，五臟六腑之溝渠也。常欲宣通，即無風疾。」說明歷代對足三里的認識日益深化，主治病症逐步擴展，且從治療發展而為預防保健之用，但三里用於「氣上衝目」，主要是指情志所傷的上盛下虛症，而不是指外感風邪之症。元代李東垣因而指出：「六淫客邪，及上熱下寒、筋骨皮肉血脈之病，錯取于胃之合（足三里），大危。」辨明表裡，又使對經穴主治作用的掌握更趨明確。

隨著認識的不斷深化、系統化，古代醫家根據腧穴所在位置和主治作用方面的不同特點，于分經之外又划分不同類別（五腧穴、原穴、絡穴、郄穴、背俞穴、募穴、交會穴等）。早在《內經》中就已有五腧穴、原穴、絡穴等記載，《明堂孔穴針灸治要》則全面記載了四肢部的井、滎、輸、原、經、合、絡、郄穴；頭身部的俞、募穴及各經交會穴，這些有特定稱號的腧穴近人稱之為特定穴，《難經‧四十五難》又提出臟、腑、氣、血、筋、脈、骨、髓八個會穴，如以脾募章門為「臟會」，胃募中脘為「腑會」等。宋元時期針灸家又提出「八脈交會穴」，認為上下肢有八個經穴分別通向奇經八脈，如以手厥陰絡穴內關通陽維脈，手少陽絡穴外關通陽維脈等。這種從不同的理論概念對經穴進行組合歸類以說明其主治特性，對於臨床選穴有一定的指導意義。後世針灸家也常從臨床實用出發提出一些常用要穴，或編成歌訣以便於記誦，如《四總穴歌》、《馬丹陽天星十二穴歌》等。這只是說明經驗用穴，與按性能歸類的意義有所不同。

四、奇穴的應用

從歷史發展的角度來看，有些奇穴的發現要比經穴為早。有的經穴即來源於奇穴，如風市初見於《肘後方》，後被歸入足少陽膽經；膏肓俞初見於《千金方》。後被歸入足太陽膀胱經。部分未被歸入十四經系統者，或近世所發現的新穴，則以「奇穴」的形式流傳，如印堂、太陽、闌尾、膽囊等穴，有些奇穴則是出于經穴的演變或傳誤，如《千金方》所載「手逆注」原系于陽明大腸經溫溜穴的別名；《醫學入門》所載「痞根」實即是太陽膀胱經肓門穴的演變。奇穴在歷代針灸學著作中續有收集，明‧方賢《奇效良方》專列「奇穴」一節，集有26個奇穴。《針灸大成》、《類經圖翼》等書也有專篇介紹，收集奇穴數目更多。